Ранние годы
Родившись в семье дьячка из деревни и крестьянки-бурятки, данный человек поступил в Иркутское уездное духовно-приходское училище в 1841 году. Детство этого человека описано в первой части романа «Магистр» М. В. Загоскина.
В 1846 году Щапов был переведен в Иркутскую духовную семинарию за достижения в учебе. После окончания семинарии он был отправлен в Казанскую духовную академию, где он учился с 1852 по 1857 год. В это время в Казань было доставлено собрание рукописей из Соловецкого монастыря, на основе которых он написал свою диссертацию "Раскол старообрядчества".
Казанский университет
В сентябре 1856 года Афанасий Прокопьевич начал преподавать лекции по истории России в Казанской духовной академии. 17 сентября 1860 года он был избран профессором кафедры русской истории в Казанском университете. 12 ноября 1860 года его первая лекция для студентов Казанского университета началась словами: "Я скажу сразу: я вступаю на кафедру русской истории не с мыслью о государственности, не с идеей централизации, а с идеей народности и областности". Щапов открыто заявил о своей поддержке "земского народосветия", которое должно было проявиться в областном самоуправлении под руководством областных советов.
Административные репрессии привели к тому, что Щапов стал страдать от алкогольной зависимости.
Афанасий Прокопьевич был членом тайного студенческого общества "Библиотека казанских студентов" и написал программу этого общества. 16 апреля 1861 года он принял участие в панихиде по крестьянам села Бездна Спасского уезда Казанской губернии, которые были убиты во время крестьянских волнений. В своем выступлении он сказал: "Друзья, за убитых крестьян! Земля, которую вы возделывали и на которой мы живем, воззовет народ к восстанию и свободе... Да здравствует демократическая конституция!".
30 апреля был арестован Щапов за произнесенную им речь. В период преследований он написал стихи, адресованные Казани.
Город сплетен, город пыли,
Город разных лихорадок,
Город, где меня судили,
Как змея, ты стал мне гадок!
Восемь лет в своих объятьях,
Город, ты меня душил;
То в мученьях, то в проклятьях
Дни в тебе я проводил.
Много слёз в тебе я пролил
За страданье мужичка;
Ты широких дум не понял
Сына бедного дьячка. Жалкий город!..
Земско-областная теория
В мае 1861 года Щапов направил к Александру II два обширных послания, в которых предложил программу общероссийских реформ, включая создание областных земских советов. После освобождения из-под следствия в августе того же года, он был лишён кафедры и приговорён к двухнедельному аресту. Церковный суд приговорил его к ссылке в Соловецкий монастырь, но благодаря своей прямоте он понравился министру внутренних дел Валуеву, который помог ему. После отмены приговора Щапов получил назначение на службу в Министерстве внутренних дел и возможность работать с архивными документами по делам раскола.
Вскоре он устал от работы в канцелярии и решил покинуть службу, чтобы заняться литературной деятельностью. Его статьи были опубликованы в таких столичных журналах, как "Отечественные записки", «Дело» «Век» и другие.
В 1862 году Щапов был подвергнут тайному наблюдению со стороны полиции из-за информации о его связях с "лондонскими пропагандистами". В 1864 году он был выслан из-за подозрений в ненадежности и направлен в свое родное село Ангу, а затем переведен в Иркутск.
Арест по делу «Общества Независимости Сибири»
Летом 1865 года Щапов был задержан в связи с участием в Омском обществе "Независимость Сибири". Его обвиняли в знании о преступных действиях руководителей этой организации. Щапов провел в тюрьме по этому делу два с половиной года и был освобожден от ответственности только 20 февраля 1868 года.
Этнограф
Афанасий Щапов был членом правления Сибирского отдела Императорского Русского Географического общества. Он также принимал участие в научных экспедициях в Туруханский край в 1866 году, а также в Верхоленский и Балаганский округа Иркутской губернии в 1874 году в качестве этнографа.
Смерть
Щапов скончался в крайней нужде и был похоронен на Знаменском кладбище Иркутска. Его могилу украсил памятник с надписью: "Родина - писателю". Могила Щапова признана памятником истории на всероссийском уровне.
