Родившийся в Москве, на Ордынке, в старинной дворянской семье Хомяковых; отец его — Степан Александрович Хомяков, а мать — Марья Алексеевна, урождённая Киреевская. Получивший домашнее образование, он в 1821 году сдал экзамен на степень кандидата математических наук при Московском университете. Во время его учебы в Москве появились первые стихотворные опыты Хомякова и перевод «Германии Тацита», опубликованный в «Трудах Общества Любителей Российской Словесности». В 1822 году он начал свою военную службу сначала в Астраханском кирасирском полку, а через год перешёл в Петербург в конную гвардию. Оставив временно службу в 1825 году, он уехал за границу, где занимался живописью в Париже и написал историческую драму «Ермак», которая была поставлена на сцене только в 1829 году, а напечатана лишь в 1832 году. В 1828—1829 годах Хомяков участвовал в русско-турецкой войне. После её окончания он вышел в отставку в чине штаб-ротмистра и уехал в своё имение, чтобы заняться хозяйством. Он сотрудничал с различными журналами.
В 1836 году, 5 июля, произошло венчание сестры поэта Языкова, Екатерины Михайловны, с ним.
В 1839 году, в своей статье "О старом и новом", он изложил основные идеи славянофильства. Параллельно, начиная с 1838 года, он начал работу над своим главным историко-философским трудом "Записки по всемирной истории".
В 1847 году Хомяков посетил Германию, а с 1850 года начал уделять особое внимание религиозным вопросам и истории русского православия. Он считал, что западный социализм и капитализм были одинаково негативными проявлениями западного декадентства. Хомяков считал, что запад не смог решить духовные проблемы человечества, так как увлекся конкуренцией и пренебрег кооперацией. Он выразил мнение, что "Рим сохранил единство ценой свободы, а протестанты обрели свободу ценой единства". Также он признавал монархию единственно приемлемой для России формой государственного устройства и выступал за созыв "Земского собора" в надежде на разрешение противоречия между «властью» и «землей» возникшего в России после реформ Петра I.
Во время лечения крестьян в ходе холерной эпидемии, он заразился и скончался 23 сентября (5 октября) 1860 года в селе Спешнево-Ивановском в Рязанской губернии, которое теперь находится в Липецкой области. Его похоронили в Даниловом монастыре рядом с Языковым и Гоголем, но в советское время их останки были перезахоронены на новом Новодевичьем кладбище.
Ю. Самарин описал его опыт проживания у него в Ивановском как очень интересный. В доме собралось несколько гостей, и комнаты были заняты, поэтому он перенес постель к себе. После ужина они устроили долгие разговоры и весело провели время. Однажды ночью, проснувшись от голосов в комнате, он увидел, как хозяин стоял перед иконой, рыдая сдержанно. Это повторялось почти каждую ночь, хотя на следующий день он был весел и бодр.
