20 августа 1880 года в городе Ковел Волынской губернии родился будущий лингвист и богослов. Его отец был уездным казначеем. После окончания Кременецкого духовного училища в 1894 году, он продолжил своё образование, закончив Волынскую духовную семинарию в 1900 году и Киевскую Духовную академию в 1904 году, получив степень кандидата богословия. Он стал монахом в 1903 году и был рукоположён во иеромонаха в мае 1904 года.
С августа 1904 года до августа 1905 года он получил стипендию академии, чтобы преподавать общую церковную историю. С 3 июня 1905 года он занял должность доцента по той же кафедре в Киевской духовной академии (а с августа 1910 года по истории древней церкви). С того времени начал свои научные исследования в Русском археологическом институте в Константинополе.
В 1911 году он завоевал степень магистра богословия за свою диссертацию "Исторический обзор сирийского монашества до середины VI века" и был назначен доцентом в академии. Его работа была удостоена премии митрополита Макария.
В 1911 году он был назначен в сан архимандрита в Киево-Михайловском монастыре. С начала 1912 года он преподавал как сверхштатный экстраординарный профессор в Киевской духовной академии, а с мая того же года он был включен в штат преподавателей. С июня 1912 года он стал инспектором и экстраординарным профессором Московской духовной академии.
С 6 июня 1913 года он занимал должность ректора Казанской духовной академии и проводил занятия по истории древней церкви. Он был последним человеком, занимавшим пост ректора в истории академии.
Обладал знанием классических и восточных языков, изучал источники христианской истории на Древнем Востоке и проявлял глубокий интерес к точной хронологии событий. Был избран членом Совета Казанского отдела Русского собрания.
Архиерей
29 июня 1913 года он был взведен в должность епископа Чистопольского, второго викария Казанской епархии (ректоры академии были посвящены в должность викария епископа Чистопольского). С июля 1914 года он занимал пост второго викария Казанской епархии.
После закрытия академии советской властью, она продолжила свою учебную программу в частном порядке. Из-за отобранного здания академии, лекции проводились дома у профессоров, а совет академии собирался в квартире её ректора. В начале 1921 года чекисты перехватили пакет с отчётом о деятельности академии, посланный епископом Анатолием Патриарху Тихону, что вызвало письмо из ВЧК в Наркомюст, с просьбой принять меры к пресечению деятельности учреждения.
В марте 1921 года епископ Анатолий был подвергнут аресту и осуждён на один год принудительных работ. Его отправили в Москву, где он был заключен на несколько месяцев в Бутырской тюрьме. Во время тюремного заключения его жестоко избили, он получил перелом челюсти и двух рёбер.
С начала 1922 года он занимал должность епископа Самарии и Ставрополя.
24 февраля 1923 года возобновленное движение против советской власти привело к аресту владыки Анатолия. При обыске в его квартире было обнаружено антисоветское воззвание, написанное от его имени. Владыка заявил, что это фальшивка, но все же был арестован.
4 августа 1923 года временно освобожден от должности и вскоре возведен Патриархом Тихоном в звание архиепископа.
Ссылка в Туркмению
18 сентября 1923 года он был снова арестован по обвинению в распространении антисоветских слухов. Его выслали на три года в административном порядке в Туркмению, сначала в город Полторацк (ныне Ашхабад), а затем, с 1925 года, в Красноводск.
После периода ссылки, в течение которого я писал письмо профессору А. И. Бриллиантову, мой интерес к научным вопросам остался неизменным. В письме я отметил, что мои исследования сместились от изучения древней церковной истории к осознанию трагических событий в русской церковной истории. Возвращение из ссылки произошло в 1927 году, после чего я продолжил активно заниматься научными исследованиями.
Придерживался позиции митрополита Сергия (Страгородского) и был постоянным членом Временного Священного Синода при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя с 1927 года (орган был распущен в 1935 году).
Одесский владыка
С 1928 года он занимал должность архиепископа Одесского и Херсонского.
18 мая 1932 года все архиепископы, члены Синода, были назначены митрополитами, архиепископ Анатолий включительно. Им было предоставлено право ношения белого клобука и креста на митре.
В период с 1934 по 1935 годы он временно возглавлял Харьковскую епархию. В это время многие церкви были закрыты и разрушены, а часть духовенства была арестована. Митрополита часто вызывали на допросы в управление ГПУ, иногда даже ночью или во время богослужения. В последнем случае он всегда завершал службу, игнорируя протесты чекистов.
По отзывам верующих и духовенства, он был известен как теплый и отзывчивый человек, а также отличный оратор. Митрополит Мануил (Лемешевский) описывал его как малого роста, худощавого, с склонностью к склоненной осанке, всегда глубоко задуманный и погруженный в свои мысли.
Последний арест и заключение на Севере
В ночь с 9 на 10 августа 1936 года был арестован под обвинением в установлении антисоветского блока путём воссоединения восточной (православной) и западной (католической) церквей на началах унии, с подчинением православной церкви папе Римскому. В свою защиту заявил, что он антикатолик и не мог вести переговоров об объединении православных и католиков. После ареста был отправлен в Москву и заключён в Бутырскую тюрьму, где он тяжело заболел и ему отнимали ноги.
21 января 1937 года митрополит Анатолий был осужден Особым Совещанием при НКВД СССР на пять лет заключения в лагере. Несмотря на свою болезнь, его отправили в лагерь общим этапом вместе с уголовниками, которые в дороге обокрали его. Узники проходили часть пути по железной дороге, а затем шли пешком на снегу в очень холодной погоде, почти заполярной зимой. Митрополит Анатолий с трудом передвигался: когда он падал, ему позволяли сесть в кузов грузовика и везти до тех пор, пока он не приходил в себя, после чего снова приходилось идти пешком.
В феврале 1937 года он был переведен в Кылтовскую сельхозколонию, где в мае его направили на «общие» работы. В октябре его перевели на инвалидность из-за ухудшения здоровья, но уже в ноябре его снова отправили на общие лагерные работы. К тому времени он почти полностью потерял зрение. По отчету администрации лагеря: "Работает на 62%. Из-за преклонного возраста работает слабо, однако старается".
В январе 1938 года он был отправлен в лагерную больницу, где впоследствии ушел из жизни. По его биографии известно, что перед смертью его вынудили отдать свое Евангелие и нательный крест, с которым он всегда ходил. Евангелие было изъято из его рук насилием, но крест он отказался отдавать.
