Родившийся в Волынской губернии, он был сыном священника, жившего в небольшом поселении Полонное Новоград-Волынского уезда.
Он получил свое среднее образование в Волынской духовной семинарии в 1859 году, а высшее образование - в Киевской духовной академии, которую он окончил в 1863 году, получив степень магистра богословия. После окончания академии он был назначен профессором по Священному Писанию, греческому и латинскому языкам в Волынской семинарии. Позже он стал старшим профессором и членом педагогического правления семинарии. В период с 1866 по 1871 годы он также преподавал французский язык. Во время своей работы в семинарии, он был награжден императрицей Марией Александровной золотым перстнем, украшенным драгоценными камнями, за составление им иконы святых Волынских, в память о спасении Александра II от покушения 25 мая 1867 года.
В 1871 году этот человек был посвящен в священники и назначен учителем права в Нежинском юридическом лицее князя Безбородко и Нежинской гимназии. Когда лицей был преобразован в 1875 году, его перевели в Нежинский историко-филологический институт и связанную с ним гимназию, где он также занимал должность настоятеля институтской церкви до конца своей жизни. Кроме того, с 1884 года он преподавал в 7-м классе Нежинской женской П. И. Кушакевич гимназии. Его также повысили до звания протоиерея. В Нежине он был известен как проповедник и активный участник церковно-общественной деятельности. Благодаря его усилиям в 1884 году было создано благотворительное общество под названием "Нежинское братство Божией Матери всех скорбящих Радости".
Автор опубликовал важные работы о различных литургических и церковно-исторических темах. Начал исследования в области униатских богослужебных книг и изменений, внесенных унией в богослужебные обряды православной церкви. Также посвятил немало трудов истории православия на Волыни и в Почаевской лавре. Посмертно была издана его работа "Почаевская Успенская лавра: историческое описание", исправленная и дополненная другим автором.
В течение своей долгой карьеры писателя протоиерей Хойнацкий сотрудничал с более чем двадцатью различными журналами, включая "Воскресное чтение", "Христианское чтение", "Церковный вестник", "Волынские епархиальные ведомости", "Труды Киевской духовной академии", "Черниговские епархиальные известия", "Православное обозрение", «Странник» "Всемирная иллюстрация", "Древняя и Новая Россия", "Иллюстрированная газета", «Нива» "Черниговская газета" и "Киевлянин". Он также был членом Московского общества любителей духовного просвещения, церковно-археологического общества при Киевской духовной академии и исторического общества Нестора-летописца.
В 1888 году он скончался и был похоронен в Нежинском Благовещенском монастыре.
