Рожденный в селе Царевка (Гремячка) Кирсановского уезда Тамбовской губернии, Василий Иовлевич Вадковский (1816-1897) был сыном священника. Его мать Ольга Никифоровна (1823-1901) также происходила из священнической семьи.
Семья Александра проживала в селе Матчерка Моршанского уезда с 1848 по 1858 годы. В детстве он был близким другом Василия Богоявленского, своего ровесника и земляка. Однажды епископ Феофан (Говоров) посетил приход священника Василия, где были представлены все дети Василия Иовлевича. Однако епископ обратил внимание только на Александра, благословил его и возложил руку на его голову.
Окончил Тамбовское духовное училище в 1860 году, затем получил диплом Тамбовской духовной семинарии в 1866 году. В 1870 году поступил в Казанскую духовную академию, где получил степень кандидата богословия. После этого был назначен доцентом по кафедре Пастырского богословия и Гомилетики и оставлен при Академии.
В 1872 году 26-летний доцент Александр Вадковский вступил в брак с Елизаветой Пеньковской, несмотря на то, что она была тяжело больна туберкулёзом. Этот поступок был особенно необычным, так как он знал, что ее состояние было безнадежно. У них родились двое детей, но в 1879 году он остался вдовцом, а в 1882 году потерял обоих детей. В то время как его карьера процветала и он мог вступить во второй брак, молодой ученый и статский советник не сделал этого.
4 марта 1883 года он вступил в монашество под руководством архиепископа Казанского Палладия (Раева); через два дня, 6 марта, он был посвящен во иеромонахи.
Возведение в сан архимандрита и назначение управляющим Казанским Иоанно-Предтеченским монастырём произошло 14 ноября.
С 8 ноября 1884 года он занимал должность инспектора в Казанской Духовной Академии.
В 1885 году под покровительством Константина Победоносцева он был переведен на аналогичную должность сначала в Московской, а затем в Санкт-Петербургской Духовной Академии.
С 15 апреля 1887 года Антоний (Вадковский) стал ректором Санкт-Петербургской Духовной Академии. Он также был епископом.
Третьего мая 1887 года он был освящен в епископа Выборгского и назначен викарием Санкт-Петербургской епархии.
Во время его ректорства в академии студенты активно начали проводить мероприятия в рабочих районах столицы от имени Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе православной церкви.
В 1892 году 24 октября он был возвеличен в сан архиепископа и назначен на новую Выборгско-Финляндскую кафедру.
С 27 октября 1892 года он занимал должность присутствующего в Святейшем Синоде.
Согласно воспоминаниям Аполлинария Львова, который встретился с ним в апреле 1893 года:
Антоний – один из лучших архиереев. От него не пахнет плесенью и затхлостью, не слышно запаха и деревянного масла с ладаном.
В период с 1893 по 1898 год он был председателем Синодальной комиссии, созданной в связи с усилиями старокатоликов по объединению с Православием.
С 5 по 22 июня 1897 года архиепископ Антоний стал первым русским иерархом, который посетил Англию. Он представлял Святейший Синод на торжествах в честь 60-летнего юбилея Королевы Виктории (Бриллиантового Юбилея) и был также поручен интенсифицировать сношения с Церковью Англии. Миссия была выполнена успешно: архиепископ вернулся на родину с почетными степенями доктора богословия и прав Оксфордского и Кембриджского университетов.
За время правления епископа Антония (Вадковского) было построено несколько новых храмов, что привело к увеличению числа приходов с 23 до 37. Также был основан Линтульский Свято-Троицкий женский монастырь, а миссионерское Братство преподобных Сергия и Германа Валаамских, основанное в 1885 году, начало активно развивать свою деятельность. С 1898 года издавался журнал на финском языке «Aamun Koitto» (фин.)русск. («Утренняя заря»), на русском языке - Рождественские и Пасхальные листки, и начала работу комиссия по переводу богослужебных книг на финский язык.
25 декабря 1898 года он был рукоположен в сан митрополита и назначен митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским, священно-архимандритом Свято-Троицкой Александро-Невской лавры. Ему был вручен белый клобук и крест из драгоценных камней, и он стал членом Святейшего Синода.
После ухода из жизни митрополита Киевского Иоанникия (Руднева) 9 июня 1900 года, он стал первым членом Святейшего Синода.
16 января 1906 года он был назначен Николаем II в качестве главы Предсоборного Присутствия. Его работа завершилась 15 декабря того же года.
В 1906 году он был избран членом Государственного совета, но уже через несколько месяцев, в июне, он ушел с этой должности по собственному желанию.
С 1910 года из-за болезни не принимал участие в богослужениях.
2 ноября 1912 года в 4:35 утра ушел из жизни. Его тело было перенесено в Крестовую церковь Александро-Невской лавры в 9:00 утра того же дня, а 3 ноября в Троицкий собор Лавры. 5 ноября состоялось отпевание, в котором приняло участие 21 архиерей (случай, ранее не бывалый), возглавил митрополит Московский Владимир (Богоявленский). Старшие члены императорской семьи отсутствовали, так как в то время император и императрица находились в дороге из имения Спалы (Царство Польское) в Царское Село. Присутствовали Председатель Совета министров В. Н. Коковцов, обер-прокурор В. К. Саблер и другие официальные лица. Его похоронили на братском участке Никольского кладбища Лавры.
