Поискомив в деревне Комарово, которая находится в Хотинском уезде Кишиневской губернии, нашла семью местного священника. Он был молдаванином.
В 1880 году завершил обучение в Кишиневской духовной семинарии и был назначен преподавателем в Единецком духовном училище.
Окончив учебу в Киевской духовной академии в 1885 году, он получил степень кандидата богословия и звание магистранта.
В 1885 году автор совершил две поездки на Афон. Он поделился своими впечатлениями об этом опыте в книге под названием "Дневник студента - паломника на Афон", которая была опубликована в журнале "Труды Киевской духовной академии" (№ 6-8, 1886 г.). Позднее «Дневник» был издан отдельной книгой и получил Макарьевскую премию.
После окончания университета он был приглашен преподавать греческий язык в Кишиневской духовной семинарии, а затем ассистировать в преподавании церковного пения (он был признан одним из лучших музыкантов в этой области) и гражданской истории, безвозмездно.
В период с 1887 по 1895 годы А. Стадницкий занимал должность редактора издания под названием "Кишиневские епархиальные ведомости". Позднее профессор И. В. Корсунский отметил, что он не только редактировал епархиальную газету, но и был самым активным и продуктивным сотрудником этого издания.
В 1887 и 1891 годах принимал участие в работе Всероссийских миссионерских съездов в Москве. Он поделился своими впечатлениями об этих съездах в статье под названием "Деятельность первого и второго миссионерского съезда в Москве", которая была опубликована им в "Кишиневских епархиальных ведомостях". В Кишиневской епархии он являлся членом комитета по наблюдению за деятельностью миссионеров.
В 1895 году он был удостоен степени магистра богословия за свою диссертацию с названием "Гавриил Бонуласк-Бодони, экзарх Молдовлахийский и митрополит Кишиневский".
В 1895 году он был назначен инспектором Новгородской духовной семинарии. Также он принял монашество 30 декабря и был рукоположен 31 декабря во иеродиакона.
1 января 1896 года приемник личностного чина и призван к работе инспектором Новгородской духовной школы, а затем назначен руководителем этой же школы, получив титул архимандрита и став настоятелем монастыря св. Антония Римлянина в Новгороде.
В 1897 году он был назначен инспектором Московской духовной академии, а также исправляющим должность ординарного профессора по кафедре Библейской истории.
С начала марта 1898 года он был выбран на должность ректора Московской духовной академии.
28 февраля 1899 года он был посвящен епископом Волоколамским, став третьим викарием Московской митрополии, при этом оставаясь ректором академии. Церемония посвящения прошла в Московском кафедральном соборе Христа Спасителя.
В 1900 году он отправился в паломничество в Святую Землю вместе с профессорами и студентами Московской духовной академии. В результате этого путешествия он написал книгу "В стране священных воспоминаний", которую сам же редактировал и издал. Книга содержит 60 фотографий, большую часть которых была сделана им самим.
В феврале 1902 года я присутствовал при пострижении в монашество студента духовной академии Сергея Симанского, который принял имя Алексий. Позднее он стал известен как патриарх Алексий. В пещерном храме Гефсиманского скита он произнес свое «Слово» по этому поводу. Арсений всю свою жизнь был духовным наставником Алексия.
В 1903 году был назначен на новую кафедру в городе Псков. Почти 7 лет он руководил Псковской епархией, приложив значительные усилия для блага Пскова. Среди его основных достижений были создание школы для псаломщиков, учреждение церковного музея и принятие мер по созданию историко-археологического комитета.
В 1904 году была защищена докторская диссертация по богословию на тему "Исследования и монографии по истории Молдавской Церкви". Эта работа, часть 1-я, посвящена истории Молдавской епархии и ее святителей, начиная с основания государства и до наших дней. Позднее автор был утвержден в степени доктора Церковной истории.
Благодаря своему обширному педагогическому опыту епископ Арсений привлек внимание Святейшего Синода, и в 1905 году он был приглашен на пост члена Учебного Комитета при Святейшем Синоде. Здесь он проявил свои выдающиеся способности в руководстве церковным просвещением в России.
В 1906 году он был назначен председателем Синодального Учебного Комитета. Также в этом же году он стал членом Предсоборного Присутствия, где возглавлял 5-й отдел по реформированию церковно-учебных заведений.
В 1907 году он был назначен архиепископом, и тот же год стал членом Государственного Совета от монашествующего духовенства. Когда он был архиепископом Псковским и Порховским, он был признан почетным членом Казанской духовной академии в 1909-1910 годах за свои ученые труды и плодотворную архипастырскую работу.
Решением Святейшего Синода от 5 ноября 1910 года он был назначен на должность архиепископа Новгородского и Старорусского.
В 1912 году он был председателем на Московском съезде по борьбе с употреблением алкоголя.
В 1913 году в Новгороде было учреждено церковно-археологическое общество по инициативе архиепископа Арсения.
В 1917 году на Всероссийском Поместном Соборе архиепископ Арсений был одним из трех кандидатов в патриархи, вместе с владыками святителем Тихоном Московским и Антонием Харьковским. В то время народная молва характеризовала его как "самого строгого" из архиереев Русской Церкви, в отличие от "самого умного" Антония и "самого доброго" Тихона. По словам митрополита Евлогия (Георгиевского), архиепископ Арсений не желал стать Патриархом и молил Бога, чтобы "эта судьба его миновала".
Возвели в сан митрополита 29 ноября 1917 года.
В ноябре 1919 года в Москве был арестован. Позже арест был осуществлен в Новгороде, где он находился под наблюдением власти в 1920 году. В 1922 году митрополит Арсений был приговорен к суду вместе с патриархом Тихоном по ложному обвинению в сопротивлении изъятию церковных ценностей и провел почти год в заключении. В этот период ему пришлось пережить убийства своего викария епископа Варсонофия (Лебедева) и многих священнослужителей, вскрытие мощей, изъятие церковного имущества и ценностей в Новгороде.
После освобождения из заключения 10 января 1924 года, через 5 дней он был снова арестован и отправлен в Бутырскую тюрьму в Москве.
В период с 1925 по 1926 год он провел в ссылке в Полторацке (Ашхабаде), а в период с 1926 по 1936 годы проживал в Ташкенте.
В то время он был лишен возможности активно участвовать в управлении Русской Православной Церковью и руководить своей Новгородской епархией. 11 августа 1933 года он был официально освобожден от обязанностей по управлению Новгородской епархией и назначен митрополитом Ташкентским.
В некоторый период времени занимал противоречивую позицию по отношению к административной деятельности митрополита Сергия, но в 1927 году был назначен постоянным членом временного патриаршего Синода, хотя не принимал участия в его работе.
10 февраля 1936 года произошло его кончина в Ташкенте, и он был захоронен на Боткинском кладбище в городе.
По оценке митрополита Мануила (Лемешевского), митрополит Арсений был не простой человек. Он был справедливым, но строгим. Он был очень занят церковными службами и пением, и очень серьезно относился к этому. Он имел строгие правила - например, он не принимал священников без специальной одежды, и заставлял их ехать за камилавками на 150 км. Митрополит Арсений был известным духовным писателем и выдающимся оратором. Он был изучателем церковной истории и автором многих богословских работ. Его выступления в различных церковных собраниях и правительственных Советах считались блестящими, а его мощный бас делал его проповеди запоминающимися.
Святитель Лука (Войно-Ясенецкий) выразил свою скорбь по поводу смерти Арсения, своего духовного наставника, который ушел из жизни под его присмотром в ташкентской больнице. Он отметил, что он не в состоянии передать всю глубину потери для русской Церкви и просто склонил голову и пролил слезы.
