Досифей II Нотара родился в селе Арахова, в семье торговца Николая Скарпета. Его имя при крещении неизвестно, и его восприемником был митрополит Коринфский Григорий Гулан. После смерти отца в 1649 году до 1654 года Досифей был воспитан своим дедом, монахом монастыря святых Апостолов Германом, и своим крестным отцом, митрополитом Григорием. В 1652 году он был рукоположен во диакона митрополитом Григорием, и после 1654 года жил в Коринфе.
16 ноября 1656 года Досифей Нотара покинул свою родину и 17 января 1657 года прибыл в Константинополь. Там он был замечен бывшим другом его родителей, пелопоннесцем по происхождению, Иерусалимским патриархом Паисием. Он сделал все возможное, чтобы Досифей получил образование в Константинопольской Патриаршей школе, где его учил близкий друг бывшего Константинопольского патриарха Кирилла I Лукариса, разделявший протестантские взгляды. Учился он не только у Иоанна Кариофила, но и у философа и врача из Янины Николая Керамевсе. Во время учебы Досифей овладел несколькими языками и имел возможность читать древнегреческих писателей (Runciman. 1968. P. 347-348).
Досифей был взят на службу в Иерусалимскую Церковь в метохию (подворье) Святого Гроба Господня в Константинополе. Вместе с патриархом, который был обвинен в изготовлении имперской короны для русского царя и был приговорен к смертной казни, Досифей был заключен под стражу. Благодаря вмешательству турецкого султана, патриарх был освобожден, и в 1658 году Досифей сопровождал его в поездке в Грузию и Понт для сбора пожертвований на погашение долгов Патриархата. После этого они провели время в различных местах, пока в декабре 1660 года патриарх Паисий скончался. После этого в январе 1661 года Досифей вернулся в Константинополь и проинформировал Синод Иерусалимской Церкви о кончине Паисия.
В феврале 1661 года протодиакон Досифей Нотара отправился в Святую землю вместе с митрополитом Филиппопольским Гавриилом. После интронизации патриархом Нектарием, Досифей был назначен его протодиаконом. Он сопровождал патриарха в поездках по различным местам и представлял его важную должность в Валахии и Молдавии. В октябре 1666 года патриарх рукоположил Досифея во епископа и поставил его митрополитом Кесарии Палестинской, что определило его как будущего преемника. В 1667-1668 годах Досифей Нотара попытался получить фирман у султана Мехмеда IV, ограничивающий влияние иезуитов в Иерусалиме, но не смог этого добиться. После этого, он был избран Иерусалимским патриархом, что было утверждено Синодом Иерусалимской Церкви 13 января 1669 года.
После посвящения в должность, Досифей Нотара отправился в Болгарию и Дунайские княжества, где искал финансовую поддержку для того, чтобы расплатиться с долгами Иерусалимского Патриархата. В 1670 году он освятил святой миро в Бухаресте во время Великого четверга. В течение 1670 и 1671 годов он принимал участие в Константинопольских Соборах, на которых обсуждался вопрос о юрисдикции над Синаем и синайским монастырем святой Екатерины. В результате архиепископ Анания был отстранен от должности, и юрисдикция над Синайским монастырем была передана Иерусалимскому Патриархату. Дополнительно монастырь Четэцуя в Яссах (современная Румыния) также был подчинен Патриархату. В последующие десятилетия синаиты стремились получить большую автономию, однако Досифею Нотаре приходилось возвращаться к этой проблеме и обращаться за поддержкой к Константинопольским патриархам Иакову и Каллинику II. Конфликт был урегулирован только после смерти архиепископа Анании в 1692 году. Посредством валашского господаря Константина Брынковяну в 1695 и 1696 годах произошло примирение между Досифеем и синайским архиепископом Иоанникием: синаиты признали юрисдикцию Иерусалимского Патриархата, а Досифей согласился с титулом Иоанникия и подтвердил автономию Синая, которая была утверждена Константинопольским Собором в 1575 году.
По прибытии в Иерусалим в качестве патриарха в марте 1671 года, Досифей Нотара начал активную работу по восстановлению храма Рождества Христова в Вифлееме. Этот проект послужил толчком для проведения важной церковно-политической инициативы - созыва Иерусалимского Собора 1672 года. В соборе приняли участие митрополиты, архиепископы, архимандриты и представители различных Церквей, включая представителей из России.
Причиной созыва Собора была полемика между католиками и протестантами во Франции. Протестантский пастор из Шарантона Ж. Клод (1619-1687) выдвинул утверждение о том, что православная Церковь отрицает пресуществление хлеба и вина в Тело и Кровь Христа в Евхаристии, что учение о пресуществлении и о поклонении Св. Дарам нигде, кроме Римской Церкви, не известно. Янсенисты доказывали непрерывность веры Церкви в то, что в таинстве Причащения преподаются истинное Тело и истинная Кровь Господа Иисуса Христа, пытаясь также заручиться свидетельством этого учения у представителей православной Церкви. Французский посол в Константинополе Ш. Ф. Олье, маркиз де Нуантель, обращался к иерархам, посещал греч. монастыри и церкви, рассылал католических монахов с программой вопросов. В январе 1672 г. Собор в Константинополе под председательством Константинопольского патриарха Дионисия IV Серогланиса выразил православную позицию в отношении не только таинств, но и в отношении др. аспектов церковного учения. Досифей Нотара считал, что существовала необходимость в более полном изложении православного вероучения и доказательстве необоснованности суждения, поддерживаемого протестантами, что «Восточное исповедание...» патриарха Кирилла Лукариса есть истинное исповедание православной Церкви.
20 марта 1672 года на Иерусалимском Соборе были подписаны акты, подготовленные Досифеем Нотарой, участниками Собора, бывшим патриархом Нектарием и ипомниматографом Нектарием. Эти акты составляли 6 глав и подтверждали осуждение "Восточного исповедания". Однако Собор заявил, что патриарх Кирилл Лукарис не был его автором и снял с него обвинения в кальвинизме. В 6-й главе актов было включено "Исповедание православной веры" Досифея Нотары, которое получило всеобщее церковное признание и статус официального вероучительного документа Восточной Церкви.
В 1673 году Олье де Нуантель столкнулся с противником в лице Досифея Нотары, когда попытался добиться передачи латинским христианам палестинских святынь от турецкого правительства. Ситуация в Иерусалиме обострилась после столкновений между членами Святогробского братства и иезуитами, в результате которых был тяжело ранен и 3 марта 1674 года скончался агиотафит Климент. Однако Досифей Нотара смог защитить права Иерусалимской Церкви, и требования Олье де Нуантеля привели только к обновлению мирного договора между Францией и Турцией от 1604 года. После продолжительных судебных процессов великий везир Фазыл Ахмет Кёпрюлю подтвердил право Иерусалимского Патриархата на владение палестинскими святынями, что было закреплено в октябре 1675 года изданием соответствующего указа.
После трех покушений на его жизнь, Досифей Нотара покинул Иерусалим и отправился в Константинополь 20 мая 1676 года. В течение следующих десятилетий он провел большую часть времени в Валахии и Молдавии, а также посетил Грузию и прожил в Константинополе и Адрианополе. Благодаря щедрым пожертвованиям молдавских правителей и церковных иерархов, Досифей Нотара приобрел множество земельных владений Иерусалимского Патриархата.
Досифей Нотара, будучи осведомлен о необходимости повышения образования для дискуссий с католиками и протестантами, активно способствовал основанию и изменению школ и академий. После того, как типография патриарха Кирилла Лукариса была уничтожена иезуитами в Константинополе в 1628 году, грекам приходилось издавать книги в Венеции, Женеве и других местах на Западе или на украинских землях. В 1680 году, при поддержке господаря Молдавии Иоанна Дуки, Досифей Нотара основал греческую типографию в монастыре Четэцуя в Яссах, где были изданы противолатинские тексты богословов Византии и Поствизантии, такие как "О главенстве папы" Иерусалимского патриарха Нектария, сочинения святого Симеона, архиепископа Фессалоникийского, и "Изъяснение церковного последования" святого Марка Евгеника, митрополита Эфесского. Однако во время войны альянса австро-польско-венецианского с Османской империей типография была уничтожена. Только в 1690 году Досифей Нотара возобновил издание книг уже в Бухаресте при поддержке валашского господаря Константина Брынковяну.
После своего отъезда из Иерусалима, Досифей Нотара вернулся туда всего дважды - с сентября 1678 года по весну 1679 года и с весны по август 1685 года. Во время своего последнего визита он смог погасить долги перед иерусалимскими монастырями, предотвратив их передачу католикам и армянам-григорианам. Он также начал процесс восстановления монастыря святого Саввы Освященного в Иерусалиме. Последнее посещение Иерусалима Досифеем Нотарой за 22 года до его смерти было обусловлено изменениями в политической ситуации в Палестине. Османская империя подверглась давлению со стороны союзников, и в результате французское правительство требовало передачи всех палестинских святынь католикам. Несмотря на усилия Досифея Нотары и других православных лиц, часть святых мест была передана францисканцам в 1689 году по решению султана и великого везира. 10 ноября 1690 года Досифей Нотара написал письмо архиепископу Газе Христодулу и Святогробскому братству с указаниями относительно защиты православия на Святой земле.
Пытаясь ограничить французское влияние в Палестине, Досифей Нотара обратился к политическому могуществу России. В 1690 году он отправил грамоту о состоянии святых мест русским царям Иоанну V и Петру I, а в 1692 году послал в Москву своего племянника, архимандрита Хрисанфа Нотару, с целью призвать русское правительство к вмешательству в политическую ситуацию на Святой земле. Однако в результате переговоров Турции с австрийцами в 1699 году проблема святых мест не была упомянута в мирном договоре, что имело негативные последствия для православных. Досифей Нотара несколько раз обращался к Петру I с просьбой вмешаться в ситуацию на Святой земле, однако из-за занятости Северной войной царь не смог ответить на эти обращения.
Досифей Нотара, помимо своей постоянной борьбы с латинянами, активно боролся с кальвинистскими влияниями в православной Церкви. Летом 1689 года он вступил в богословский спор со своим бывшим учителем, великим логофетом И. Кариофилом, который разделял кальвинистские взгляды и отвергал термин «пресуществление» как нечто чуждое православным учениям. Напряжение в отношениях между Досифеем Нотарой и Кариофилом усилилось также из-за того, что Кариофил поддержал архиепископа Анания и монахов из Синая в их борьбе за автономию. В связи с тем, что взгляды Кариофила получили широкое распространение среди народа, Константинопольский патриарх Каллиник II и Досифей Нотара созвали в 1691 году собор в Константинополе. В томосе собора было исповедано православное учение о сущностном преложении хлеба и вина в Тело и Кровь Господа Иисуса Христа и признана равнозначность термина «пресуществление» другим терминам из святоотеческого наследия. Собором были провозглашены анафемы противникам термина "пресуществление". Хотя Кариофил подписал соборный томос, он не изменил своих взглядов и в конце концов был вынужден покинуть Константинополь и уехать в Валахию, где и скончался после 1693 года.
(Примечание: переданный текст составляет 400 слов)
В апреле 1702 года архим. Хрисанф вернулся в Россию после 2-й миссии и был рукоположен во епископа и поставлен митрополитом Кесарии Палестинской Досифеем Нотарой, который назначил его своим преемником. В конце своей жизни Досифей Нотара посетил родину, на что указывает надпись на табличке в церкви святого Николая в Эксохи. Надпись сообщает, что храм был отреставрирован и украшен за счет средств Досифея Нотары.
Патриарх умер в священном месте Святого Гроба Господня в Константинополе и был похоронен в монастыре святой Параскевы. Осенью 1715 года останки Досифея Нотары, его преемника патриарха Хрисанфа, были перенесены в монастырь святых Сорока мучеников Севастийских в Палестине, что является традиционным местом упокоения Иерусалимских патриархов (Журнал Патриархата 1982, том XLII-XLIII).
