Родившийся в семье протоиерея кафедральной церкви Тамбова, он окончил Тамбовскую духовную семинарию и получил звание магистра в Санкт-Петербургской духовной академии в 1886 году. После окончания обучения он остался работать преподавателем в академии, где читал лекции по православной апологетике, а с 1890 года начал преподавать введение в богословские науки.
С 1896 года он был посвящен в священники и назначен на служение в Входоиерусалимскую Знаменскую церковь в Петербурге. В 1899 году он достиг звания доцента, а в 1900 году стал профессором. В 1903 году его перевели в военное ведомство, где он стал настоятелем церкви Лейб-гвардии Кавалергардского Её Величества Императрицы Марии Фёдоровны полка. С 1903 по 1910 год он преподавал богословие в Санкт-Петербургском историко-филологическом институте.
В 1908 году он принимал участие в работе комиссии по пересмотру положения о военном духовенстве, а с 17 ноября того же года был избран Председателем ревизионной комиссии по делам похоронной кассы Собранием военного духовенства.
23 марта 1910 года помощником Протопресвитера Военного и Морского духовенства А.А. Желобовского стал.
20 мая 1910 года протопресвитер Военного и Морского духовенства русской армии был утвержден на новой должности после того, как он был уволен с должности настоятеля церкви Кавалергардского полка и от духовно-учебной службы. Он сменил на этой должности Желобовского Александра, который умер 12 мая 1910 года.
В 1910 году, будучи Протопресвитером, он совершил поездки по различным городам Российской империи. Одним из таких городов была Рига, находящаяся в Лифляндской губернии. В этом городе он принял участие в торжественном освящении памятника императору Петру I. Этот памятник был построен благодаря пожертвованиям местного населения и был связан с празднованием двухсотлетия вхождения Риги в состав Российской империи.
В дальнейшем, Е.П. Аквилонов совершил поездку в Варшаву, где он исследовал церкви, подведомые Варшавской и Привислинской епархии. К концу 1910-х годов в Варшаве было около 49 православных церквей. После русской революции несколько опустевших военных церквей были закрыты властями и не превратились в приходы. В 1920-х годах в Варшаве были уничтожены или переделаны в костелы несколько церквей, включая те, что находились на военно-гарнизонном кладбище в Повонзках, четыре при учебных и шесть при благотворительных и лечебных учреждениях, две тюремные церкви и более 20 военных церквей.
Занимался изучением сложных тем в области богословия, таких как учение о Церкви, аргументация существования Бога и изучение иудаизма. Также активно участвовал в полемике с известными литераторами и философами своего времени, критиковал идеи Толстого и социалистические идеологии. Открыто выступал против проведения панихид по нехристианам.
Аквилонов был искренним патриотом и монархистом, который был активным членом Русского собрания и Союза русского народа. Он часто выступал на монархических собраниях, где представлял свои работы по темам государства и церкви, а также боролся с социалистической и либеральной пропагандой в армии. В 1907 году он опубликовал антисемитское сочинение под названием "Иудейский вопрос. О невозможности предоставления полноправия русским гражданам из иудейского народа.", в котором выражал свои взгляды на данную тему.
15 марта 1911 года Аквилонов обратился с просьбой о выходе увольнении на двухмесячный отпуск в городе Козлов Тамбовской губернии.
30 марта 1911 года, протопресвитер Евгений был при смерти, и его сопровождающий священник сообщил об этом телеграммой из Козлова в Санкт-Петербург. Ему было 49 лет, и он умирал от саркомы. Поняв, что его конец близок, он взял в руки зажженную свечу и начал сам себе читать "Последование на исход души от тела", произнеся слова: "Упокой, Господи, душу раба Твоего, протопресвитера Евгения", и ушел в вечность. Его на должности протопресвитера армии и флота сменил Георгий Шавельский.
4 апреля 1911 года в С.-Петербурге в церкви Кавалергардского Её Величества Государыни Императрицы Марии Федоровны полка состоялось отпевание протопресвитера Евгения Аквилонова, который был настоятелем этой церкви на протяжении многих лет. Похороненный на Никольском кладбище Александро-Невской лавры, его погребальной процессии возглавляли два епископа - Омский Владимир (Путята) и Нарвский Никандр (Феноменов).
Награды
Во время своей жизни Аквилонов был признанным ученым и профессором богословия в Санкт-Петербургской духовной академии. Ему были присуждены высокие награды, включая митру, палицу и золотой крест из кабинета государя.
В 1908 году он был удостоен награды орденом Святой Анны II степени.
В 1909 году ему была вручена награда Орден Святого Владимира III степени.
В 21 сентября текущего года, протоиерею Евгению Аквилонову было разрешено использовать палицу при богослужениях по Указу Святейшего Синода.
Сочинения
"Церковь, ее научные определения и апостольское учение о ней как Теле Христовом" - это основное сочинение, написанное в 1894 году.
"Научное и богословское обоснование христианства. Основы православной христианской защиты. -Издательство Санкт-Петербург, 1894 год."
Изучение Нового Завета и его учения о Церкви. Академический анализ исследований о догматах и их толковании. -Издательство Санкт-Петербург, 1896 год.
Биография "О Спасителе и о спасении" была опубликована в Санкт-Петербурге в 1899 году.
Биография о божестве Иисуса Христа и его роли в нашем спасении была написана в Санкт-Петербурге в 1901 году.
Исследование о божественности христианства и его превосходстве над буддизмом и исламом, изданное в Санкт-Петербурге в 1904 году.
Эквилонов Евгений Петрович был автором статьи "О божественности христианства и превосходстве его над буддизмом и мохаммеданством", опубликованной в журнале "Христианское чтение" в 1903 году. Книга была издана Санкт-Петербургской православной духовной академией в 2009 году и состоит из 586 страниц.
Архимандрит Павел написал ответ по поводу его "Кратких замечаний" на книгу "Церковь. Научные определения церкви и апостольское учение о ней, как о теле Христовом", выпущенную в Санкт-Петербурге в 1905 году.
Работа о доказательстве существования Бога на основе физических и телеологических аргументов была опубликована в Санкт-Петербурге в 1905 году.
Монография "Христианство и социал-демократия в современном обществе" была опубликована в Санкт-Петербурге в 1906 году.
Проблема иудеев в России. Об их закрытом политическом и общественном участии в стране. - Санкт-Петербург, 1907 год.
Работа о. Иоанна Кронштадтского о значимости слова Божия в воспитании. - Издательство Санкт-Петербург, 1909 год.
