Появился на свет в семье диакона, в Калужской губернии.
После завершения обучения в Санкт-Петербургской духовной академии, он получил степень бакалавра по физике и математике.
В 1851 году Яна Иванович Янышев был назначен священником в православной церкви в городе Висбаден. Он также активно занимался переводом и изданием книг, чтобы представить труды русских ученых западным богословам. В 1855 году в Висбадене были изданы его переводы бесед профессора киевской духовной академии Амфитеатрова на немецкий язык. Одной из таких книг была беседа под названием "Об отношении святой церкви к христианам".
В 1856 году Янышев был назначен профессором богословия и философии в Санкт-Петербургском университете. Через два года он был назначен священником церкви русской миссии в Берлине, а в 1859 году, будучи протоиереем, он был перемещен в Висбаден, где прожил до 1864 года. В это время была опубликована его статья "Несколько слов о современном состоянии протестантской Германии на основании свидетельств об этом самих протестантов" в журнале "Христианское Чтение" (1861, I), а также издан перевод на немецкий язык переписки протоиерея Иосифа Васильева с нантским епископом ("Erorterung u. s. w.", Франкфурт-на-Майне, 1861).
В 1864 году Янышев получил приглашение преподавать Божественный закон принцессе Дагмаре, наследнице русского престола, в Копенгагене. Сегодня принцесса Дагмара вдовствует в качестве Государыни Императрицы Марии Федоровны.
С 1866 по 1883 год Янышев занимал должность ректора в Санкт-Петербургской духовной академии. Он предложил создать журнал "Церковный Вестник" при академии, что стало первоначальной идеей.
В 1883 году Янышев был выбран духовником Императорской семьи и возглавил придворное духовенство. Он также стал протопресвитером в дворцовом соборе Большого дворца и московском соборе Благовещенского.
В 1899 году Янышев был утвержден Святейшим Синодом в степень доктора богословия после того, как оказался профессором нравственного богословия в Санкт-Петербургской духовной академии. Он пересмотрел существующий метод изучения нравственного богословия, отказавшись от прежнего схоластического подхода и вместо этого использует психологический анализ. Некоторые вопросы, такие как свобода воли и значение благодати, были представлены им в новом и оригинальном свете. Его курс чтений под названием "Православно-христианское учение о нравственности" (М., 1887), опубликованный профессором казанской академии А.Ф. Гусевым, не охватывает все материалы, которые он преподавал, но даёт представление о его методах и взглядах. Его проповеди отвечали на важные запросы современной ему русской церковной и общественной жизни и мысли, и специально академические проповеди посвящались вопросам, связанным с академическим образованием и различными аспектами студенческой жизни. Почти все проповеди Янышева относятся к периоду царствования императора Александра II, и он интерпретировал великие события этого времени с церковной кафедры.
В 1874 году он был приглашен принять участие в обсуждении старокатолического вопроса и выступал в качестве официального представителя русской церкви на конференции в Бонне.
1890 году была опубликована серия статей "Об отношении старокатоликов к православию" в журнале "Церковный Вестник". В 1891 году, в журнале "Христианское Чтение", был опубликован перевод писем и заявлений Деллингера о ватиканских декретах.
В 1893 году И.Л. Янышев принял активное участие в работе комиссии по старокатолическому вопросу. В 1897 году он принял участие в заседаниях четвертого интернационального конгресса, где представил ответы санкт-петербургской комиссии на мнения роттердамской комиссии относительно соединения старокатоликов с православной церковью. Его работа в качестве заведующего придворным духовенством в основном была направлена на улучшение их материального положения. При его участии был организован дом призрения для вдов, сирот и заштатных лиц придворного духовенства. В 1888 году были утверждены "Правила о ведении церковного хозяйства в соборах и церквах придворного ведомства".
14 июня 1910 года он скончался на своей даче на острове Елагин. Тело было вынесено и перевезено в Петропавловский собор 16 июня. Отпевание прошло 17 июня под предводительством митрополита Киевского Флавиана (Городецкого) в присутствии великой княгини Ольги Александровны, принца Ольденбургского и других.
Его последняя поклажедержавицы—приютили на Волковом кладбище, которое расположено в культурной столице России, Санкт-Петербурге.
