Братья Иоанникий (Иоанн) и Софроний (Спиридон) родились на острове Кефалиния. Иоанн родился в 1633 году, а Софроний в 1652 году. Они стали известны как первые учителя в Славяно-греко-латинской академии, первом официально признанном высшем учебном заведении в Русском государстве. Иоанн умер в 1717 году в Москве, а Софроний умер в 1730 году в Москве или, по другим данным, в Солотчинском монастыре близ Рязани.
Греческого происхождения, братья Спиридон и Иоанн Лихудовы были членами княжеской семьи. Их отец служил капитаном корабля. Спиридон окончил Коттунианскую коллегию Падуанского университета в 1670 году, получив степень доктора богословия. Он принял монашеский постриг и вступил в монастырь, приняв имя Софроний. Иоанн обучался у известного преподавателя Герасима Влаха, который преподавал в школе Венецианского греческого братства. После смерти жены Иоанн также стал монахом, приняв имя Иоанникий. Оба брата преподавали в различных школах на различных греческих островах и в городах на материке, а также занимались проповеднической деятельностью.
В 1682 году, когда русское правительство решило учредить в Москве учебное заведение, царь Федор и Патриарх Иоаким обратились к Восточным Патриархам с просьбой прислать в Москву опытных преподавателей православия. Так получилось, что братья Лихуд, начиная с марта 1683 года, проживали в Константинополе на подворье у Иерусалимского Патриарха Досифея II. Он предложил братьям отправиться в Москву, предоставив им рекомендательные письма и деньги на путешествие.
3 июля 1683 года Лихуды покинули Константинополь и только почти через два года прибыли в Россию из-за задержки в пути из-за конфликта между Австрией и Португалией, а также действий иезуитов в Польше, которые старались задержать их как можно дольше.
6 марта 1685 года они прибыли в Москву, где их приняли цари Петр I и Иван V. В этом же день Лихуды начали преподавать в Богоявленском монастыре. Начало их преподавательской карьеры стало решающим моментом в победе «грекофильской» партии над «латинской» в богословских спорах и политической борьбе в Русской Церкви и при царском дворе.
Созданная Лихудами образовательная программа была основана на европейских образцах, в основном на программе Падуанского университета. Братья также авторы учебников "Малая греческая грамматика" и "Поэтика".
Лихуды, вместе с монахом Иовом и дьяконом Палладием Роговым, были переведены из типографской школы в Заиконоспасский монастырь в 1686 году. Каменный трехэтажный корпус для школы был построен в этом же году при поддержке князя Василия Васильевича Голицына. По его указанию к Лихудам были переведены все ученики из типографской школы, а также приказом Царей присоединены до 40 боярских детей и множество разночинцев. К концу 1687 года в Академии училось 76 человек.
Софроний Лихуд осуществлял преподавательскую деятельность и руководил академией в период с 1685 по 1694 годы. В то же время Иоанникий Лихуд вел переговоры с Венецианской республикой о возможном союзе с Россией против Османской империи в период с 1688 по 1691 годы.
В Москве Лихуды сыграли важную роль в богословских спорах, защищая православное учение в диспуте с Яном Белобоцким и Сильвестром (Медведевым) относительно времени пресуществления Святых Даров в Евхаристии. Прибыв в Москву, они встали на защиту православной точки зрения по этому вопросу. Монах Сильвестр, представитель "латинского учения", признал Лихудов своими учеными соперниками и обвинил их в ереси, опубликовав против них сочинение под названием "Манна". Лихуды ответили на это сочинение своей книгой "Акос, или Врачевание от угрызений змиевых", которую их ученики Поликарпов и Семенов перевели на русский язык. Сильвестр выпустил второе сочинение против Лихудов под названием "Тетрадь на Лихудов"; в ответ они написали книгу "Диалоги грека учителя к некоему Иисуиту". Хотя спор о времени пресуществления Святых Даров продолжался и после этого, но благодаря двум сочинениям Лихудов этот вопрос был окончательно решен в пользу православной греческой точки зрения.
В 1694 году братья Лихуды были отстранены от преподавания в Славяно-греко-латинской академии. Причиной этого решения, судя по документам Посольского приказа, стало послание патриарха Иерусалимского Досифея II, в котором он выдвинул ряд обвинений против Лихудов, главным образом, в связи с корыстными конфликтами и доносами. Тем не менее, братьям было разрешено остаться в Москве. В период с 1694 по 1697 годы они преподавали итальянский язык на частной основе, а с 1697 по 1700 годы по указу Петра I им было поручено обучать 55 человек в школе по изучению итальянского языка. Однако из 55 человек только 10 стали учениками, остальные отказались. Эта школа находилась в ведении Разрядного приказа и, вероятно, располагалась на Печатном дворе.
Братьев обвиняли в ересях и политических интригах в Царьграде, поэтому они были отправлены в Ипатьевский монастырь в Костроме в январе 1704 года и оставались там до января 1706 года. В монастыре они продолжали писать полемические произведения и написали греческую грамматику.
В 1706 году новгородский митрополит Иов был инициатором перевода братьев в Новгород, где он поручил им создать славяно-греко-латинскую школу по образцу московской. Преподавание в этой школе велось по тем же учебникам. Новгородская школа Лихудова подготовила первое поколение русских филологов. Школа располагалась в новгородском Детинце, в здании, которое в последствии стало известно как "Лихудов корпус". В школе не стали преподавать на латыни, оставив в качестве языков лишь два - греческий и славянский, поэтому она и получила название "Греко-славянская".
В конце 1707 года в Москве попросили выйти Софрония Лихуда, чтобы возглавить школу греческого языка - в то время в академии этот язык не преподавался. В 1712 году его попросили поработать над исправлением славянского перевода Библии на Московском печатном дворе. После смерти Иоанникия, в около 1720 году, Софроний был назначен настоятелем Солотчинского монастыря в Рязанской епархии. Однако монахи не были довольны этим назначением и он был переведен в Новоспасский монастырь в 1730 году, после того как его жалобы в Москве не привели к успеху.
В 1716 году Иоанникий Лихуд вернулся из Новгорода в Москву и умер в августе 1717 года. Его похоронили в соборе Заиконоспасского монастыря. Софроний Лихуд умер в июне 1730 года в Новоспасском монастыре.
Во время своей карьеры Лихуды написали учебники по практически всем предметам, которые они преподавали, включая греческую грамматику в сжатом виде для Москвы, Костромы и Новгорода, латинскую грамматику, поэтику, две риторики, логику, физику, богословие и "О методе эпистолярного искусства". Они также написали богословские труды, такие как «Акос» "Духовный меч, или Разговор с иезуитом Руткою в Польской земле", "Лютерские ереси" и "Слово о предопределении" (1701), а также панегирики Петру I, похвальные речи, проповеди и другие сочинения.
Лихудов считаются основателями высшего образования в России, а их ученики стали первыми русскими учеными, такими как Ф. П. Поликарпов, А. К. Барсов, П. В. Постников, Феолог, Головин, Козма, Иов, Палладий Роговский и другие. Некоторые из них были профессорами академии, другие занимались исправлением Библии и написали много ученых работ.
31 мая 2007 года в Москве, в Богоявленском переулке, возле алтаря Богоявленского монастыря, был установлен бронзовый памятник в честь братьев Иоанникия и Софрония.
