В мирской жизни Яков Сергеевич Никольский был сыном диакона из села Васильевское Каширского уезда Тульской епархии. Он родился 14 октября 1799 года, в День Покрова Пресвятой Богородицы, и всю свою жизнь посвятил благочестивым делам под Ее небесным Покровом.
Он получил образование в Тульской семинарии и Санкт-Петербургской Академии. После окончания академии в 1825 году, после того, как академическое начальство обычно спрашивало у студентов, в каком звании они хотели бы быть, он решительно заявил, что избирает звание монашеское.
В 22 августа (4 сентября) 1825 года он стал монахом и принял имя Исидор. 29 августа (11 сентября) он был освящен в иеродиакона, а 18 сентября восходил до иеромонаха.
28 августа (10 сентября) 1825 года он был принят в Санкт-Петербургскую Духовную Академию на программу бакалавриата. 10 (23) сентября он был назначен библиотекарем, а 17 (30) декабря получил степень кандидата богословия. 30 октября (12 ноября) 1826 года он был утвержден в степени магистра. Позже выяснилось, что многие студенты прошли дисциплинарное взыскание, и поэтому никто не получил степень кандидата.
В 26 августа (8 сентября) 1827 года иеромонах Исидор был причислен к соборным иеромонахам Лавры в День Сретения Владимирской иконы Божией Матери. Через два года он был назначен ректором Орловской семинарии и повышен до звания архимандрита Мценского Петропавловского монастыря. Позже он был назначен и присутствовал в Консистории.
В 1833 году архимандрит Исидор был переведен в Москву, где он стал настоятелем Заиконоспасского монастыря и преподавателем в местной семинарии.
В 11 (24) ноября 1834 года, в Чудовом монастыре Москвы, Архимандрит Исидор был посвящен во епископа Дмитровского, викария Московской Митрополии, на своем 35-ом году жизни в День памяти Святого блаженного Максима. Он получил свой Архипастырский жезл от Митрополита Московского Филарета (Дроздова) (1783-1867), который возглавлял церемонию посвящения.
В 1837 году Преосвященный Исидор был назначен Епископом Полоцким и Виленским. В 1840 году он был перемещен в Могилев, а через год принял Архиепископство. В 1844 году, в День иконы Божией Матери, названной «Милостивая» 12 (25) ноября, Преосвященный Исидор был назначен Экзархом Грузии. Каждая из этих кафедр была трудным местом для церковного администратора, однако Преосвященный Исидор успешно служил православию в Полоцкой и Могилевской епархиях, борясь с католичеством и воссоединяя униатов. В Грузии он также боролся с магометанством и укреплял православное христианство на Кавказе.
Преосвященный Исидор уделил много внимания восстановлению и украшению обедневших православных храмов, а также распространению русского церковно-школьного образования. Его активная работа в Грузии вызвала одобрение Государя Императора Николая I и Русского правительства. Во время торжественной церемонии Миропомазания и Коронации Государя Императора Александра II в 1856 году, Архиепископ Исидор был назначен Митрополитом.
14 марта 1858 года Высокопреосвященный Исидор стал главой Киевской Митрополии. Через два года, 14 июля 1860 года, в День памяти безсеребряников Косьмы и Дамиана, он был переведен в Царствующий град Санкт-Петербург.
21 августа (3 сентября) того же года главный попечитель Императорского Человеколюбивого общества был назначен владыкой Высочайше.
В 1885 году Человеколюбивое Общество отметило юбилей председательства Высокопреосвященнейшего Исидора, Митрополита Санкт-Петербургского, который проработал в этой должности двадцать пять лет. За свой многолетний труд в Обществе он был удостоен Высочайшего рескрипта.
Вышепреосвященный Митрополит Исидор уже 25 лет назад был приглашен своим Незабвенным Родителем к занятию общественной благотворительной деятельностью. Он стал главным попечителем Императорского Человеколюбивого Общества и председателем его совета.
Из переданных докладов видно, что в течение указанного периода времени деятельность данного учреждения значительно развилась. Материальные ресурсы общества увеличились почти вдвое. Число благотворительных заведений, подчиненных ему, увеличилось почти в пять раз. А также значительно выросло число людей, которые получают помощь, достигая даже ста тысяч человек. Также были открыты новые виды помощи для бедных, соответствующие современным потребностям.
Использование прогрессивных методов Человеколюбивого Общества является результатом вашего руководства этой организацией.
В благодарность за ваши ценные труды, которые приносят такую пользу, я хотел бы выразить вам свою искреннюю благодарность. Желаю вам сохранить здоровье и продолжать свою плодотворную работу по благотворительности в течение многих лет, чтобы ваше дело любви к людям могло преуспеть и быть полезным для многих.
Пребывая непрерывно благосклонным к вам, я поручаю себя вашим молитвам навсегда.
По официальному документу, данная биография была написана ЧА Зиминой.
Выразивший глубокое почтение к вам - АЛЕКСАНДР
В 1885 году, 21-го августа (3 сентября), случилось одно событие.
Митрополит Исидор был верных тридцать два года служителем на Санкт-Петербургской кафедре, преодолевая все трудности церковной жизни во времена постоянных реформ. Владыка Исидор умел поддерживать конструктивные отношения как с обер-прокурором Святейшего Синода, графом Дмитрием Андреевичем Толстым, так и с новым обер-прокурором Константином Петровичем Победоносцевым, где духовенство призывалось к служению народу и отделению духовного от светского.
Индивидуальные стремления и пути к благополучию разнообразны, и каждая реформа имела свои позитивные стороны и благотворные последствия. Выдающийся духовный лидер, удерживавший свое влияние среди разнообразных течений своего времени до самого конца своей жизни, являлся безусловным авторитетом практической мудрости. Более того, в последние годы своей жизни он, будучи на протяжении более 30 лет наивысшим духовным лицом, стал для большинства других высших духовных лиц их духовным отцом, которому они принимали свой посвящение.
Епископ был известен своим уважением к индивидуальным качествам ума и характера, а также его постоянной поддержкой образования. В 1859 году в Киеве он стал первым архиереем, который приказал духовенству открыть церковные школы. В Санкт-Петербурге он поддерживал Академию и другие учебные учреждения, а также заботился о бедных членах церковного духовенства. Его имя было увековечено в Санкт-Петербурге с открытием Исидоровского женского епархиального духовного училища и Александро-Невского приюта для бедных духовных лиц в 1869 году.
Властелин не терпел своенравия и гордости, и когда священники его епархий вели себя высокомерно, он обычно говорил им: "Ты - гордый: я сделаю тебя скромным". И скромности он учил. От него осталось наставление практической мудрости: "Не ищи ничего и не отказывайся от ничего".
27 марта (9 апреля) 1866 года Преосвященнейший владыка был награжден высшим Императорским орденом России - орденом Святого Апостола Андрея Первозванного, за свои усердные труды на благо Церкви и Отечества, из рук Государя Императора Александра II Освободителя. Через шесть лет, 16 (29) апреля 1872 года, Государь Император Александр II Николаевич вручил Митрополиту алмазные знаки к ордену Святого Апостола Андрея Первозванного, высшие знаки отличия в Российской Империи. Кроме того, владыка также получал от Государя дорогие подарки за свои заслуги: драгоценный посох, митру с водруженным на ней Крестом по киевскому обычаю, панагию, Царские портреты и, наконец, Патриаршие отличия: вторую панагию и Крест, который он предносил при богослужении.
Митрополит Исидор был почетным членом различных духовных академий и обществ, таких как Русское географическое общество, Академия наук, Московский комитет грамотности, Русское археологическое общество, Санкт-Петербургский и Московский университеты, а также Медико-хирургическая академия. В 1876 году он опубликовал "Собрание слов и речей" в одном томе.
Великий православный владыка сделал Свято-Троицкую Александро-Невскую Лавру своим домом, проводя последние годы своей жизни почти исключительно в своих покоях. Он выезжал из них только раз в неделю для заседания Святейшего Синода и иногда для участия в богослужениях. Владыка настолько привык к уединенной жизни, что когда летом выходил на свою дачу в саду, это называлось "поездкой в Новгород".
Владыка умер в возрасте 94 лет перед празднованием Рождества Пресвятой Богородицы, 7 (20) сентября 1892 года в 21:20.
Митрополит Исидор был похоронен в Исидоровской церкви, которая была построена при его участии. Его могила находится на солее с правой стороны от иконы Спасителя.
