Родившись в семье крестьян, он закончил обучение в Псковском духовном училище, а затем поступил и окончил Псковскую духовную семинарию. В дальнейшем он поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, которую успешно окончил в 1893 году, получив степень кандидата богословия и имея право на получение степени магистра без прохождения нового устного испытания. За свое сочинение "Лукиановская рецензия LXX в славянском переводе" он был удостоен степени кандидата богословия в 1893 году.
В начале своей карьеры Евсеев работал помощником библиотекаря в библиотеке Санкт-Петербургской духовной академии. В 1895 году он отправился в поездку на Восток, чтобы изучить рукописи библиотеки Александрийского патриархата в Каире. В 1897 году за свое сочинение "Книга пророка Исайи в древнеславянском переводе" он получил степень магистра богословия. После этого он был назначен смотрителем Московского Заиконоспасского училища. В своей карьере он также преподавал в Александровском коммерческом училище и Московском учительском институте.
Начиная с 1902 года, Евсеев занимал должность инспектора Подольской духовной семинарии, а с 1904 года он был инспектором Орловской духовной семинарии.
В 1906 году Иван Евсеевич защитил докторскую диссертацию о книге пророка Даниила в древнеславянском переводе. После этого он стал доцентом кафедры гомилетики и затем сверхштатным профессором Санкт-Петербургской духовной академии. С 1907 года он работал ординарным профессором. С 11 сентября 1909 года он возглавил кафедру русского и церковнославянского языков и истории русской литературы в Санкт-Петербургской духовной академии.
С начала 1909 года Евсеев стал редактором журнала "Церковный Вестник". Он не только занимался преподаванием, но и активно занимался научными исследованиями с целью подготовки авторитетного научного издания церковнославянской Библии. Он также участвовал в работе Международной комиссии по критическому изданию Септуагинты под руководством А. Ральфса и подготовил описание 4 тысяч славянских манускриптов Священного Писания. Евсеев также представил в Синод одобренный Советом Санкт-Петербургской духовной академии проект научного издания славянской Библии в 1911 году. С 1914 года он был член-корреспондентом АН по отделению литературы и языка.
В 1903 году, совместно с А. В. Михайловым, он начал работу над проектом критического издания славянской Библии. Несмотря на 12 лет поисков финансирования, необходимого для реализации проекта, он настаивал на том, что эту работу должна возглавить Санкт-Петербургская духовная академия. После ряда колебаний Синода, в 1915 году при Петроградской духовной академии была создана Библейская комиссия под его председательством. В 1916 году Духовная академия приняла решение о выпуске переиздания Синодального перевода с существенными исправлениями, предложенными Евсеевым. Однако, изданию помешала революция, в результате которой особый Библейский отдел начал действовать только в рамках Поместного Собора с марта 1918 года.
В 1918 году семья Евсеевых переехала из Петрограда в село Каменка, Порховского уезда, Псковской губернии. Приглашение участвовать в Народном университете в Порхове стало одной из причин этого переезда. Хотя проект не был реализован, Евсеев продолжал заниматься научной деятельностью, временами возвращаясь в Петроград для научных занятий. Он также выражал готовность участвовать в работе Библейской комиссии, если ему обеспечат минимальные средства к существованию.
Евсеев проживал в большой семье, состоявшей из 12 человек, и на протяжении трех лет, с 1918 по 1921 год, находился в тяжелом материальном положении. Он скоропостижно скончался от осложнений в виде воспаления уха в 1921 году.
