В деревне Колударов Моршанского уезда Тамбовской губернии родился член семьи священника.
В 1880 году завершил обучение в II Тамбовском духовном училище на степень II разряда, а в 1886 году - в Тамбовской духовной семинарии на степень I разряда.
Проводил службу псаломщика в Церкви Липецкой, после этого занял должность надзирателя в Тамбовском духовном училище.
С 1889 года он занимал должность надзирателя во 2-м Тамбовском духовном училище.
В 1891 году он начал своё обучение в Казанской духовной академии.
В 1895 году завершил обучение в духовной академии, получив степень кандидата богословия. Затем был назначен профессорским стипендиатом по кафедре истории Русской Церкви.
С 1896 года преподает на кафедре и в 1898 году защитил диссертацию "Русские епархии XVI-XIX в.в., Том I: XVI и XVII вв.", получив звание магистра и подтверждение звания доцента.
С 1905 по 1907 годы он занимал пост редактора журнала "Известия по Казанской епархии" и в 1906 году был назначен статским советником.
В 1907 году он получил докторскую степень по церковной истории. С 16 июня 1908 года он был назначен сверхштатным профессором, а с 25 октября того же года он получил звание экстраординарного профессора в Академии.
С начала 1909 года он занимает должность обычного профессора кафедры истории Русской Церкви. Под его руководством были созданы детальные исторические описания монастырей Казанской епархии по заказу их настоятелей, включая Седмиезерную пустыню и Свияжский Иоанно-Предтеченский монастырь.
Представитель духовной академии был руководителем на XI, XIV и XVI всероссийских археологических съездах в Киеве, Чернигове и Пскове.
За свои литературные достижения он был избран пожизненным членом Владимирской, Тамбовской и Нижегородской Ученых Архивных комиссий, Императорского Московского археологического института, Общества археологии, истории и этнографии при Императорском Казанском университете. Он также являлся одним из учредителей и членом церковного историко-археологического Общества Казанской епархии.
Принимал активное участие в подготовке и работе Поместного и священного Собора Российской Православной Церкви. Он был членом Предсоборного Совета и также представлял Казанскую епархию в Поместном соборе. Он выступал с докладом и принимал участие в разработке Устава православных академий и других документов.
После революции 1917 года этому человеку были предложены две важные должности: он мог стать профессором русской истории в Казанском Педагогическом институте или управляющим нового Казанского Губархива.
В конце 1918 года совместно с учеными из университетов и академий пытался оградить Раифский монастырь от большевиков, прося передать земли монастыря Казанскому университету.
С 1919 года И.М. Покровский занимал различные важные должности в архивной сфере Казани и Казанской губернии. Он был председателем комиссии по охране архивных фондов и музейных памятников, а также заведующим различными отделами и библиотеками. Благодаря его усердной работе, ценные исторические документы республики Татарстан были сохранены и стали основой для многих исследований по истории региона.
В 1921 году, в компании ректора и епископа Анатолия (Грисюка) и других преподавателей, был арестован и приговорен к году лишения свободы за незаконное существование академии, которая на тот момент еще не была ликвидирована в соответствии с законом.
В период после революции, он продолжал принимать активное участие в деятельности Общества Археологии, Истории и Этнографии Казанского университета, где занимал пост старейшего члена и активного работника с 1898 по 1932 годы.
В 1930 году был задержан правоохранительными органами ТАССР. Вместе с другими профессорами академии обвинялся в участии в организации филиала всесоюзного центра церковно-монархической организации "Истинно-Православная Церковь", которая, по утверждению властей, существовала на территории ТАССР.
В 1932 году он был осужден по статьям 58-10 и 58-11 УК РСФСР и отправлен в ссылку в Казахстан на 3 года по решению особого совещания при коллегии ОГПУ. В то время у него уже были серьезные заболевания, такие как эмфизема легких, астма и сердечная недостаточность.
Непосредственно перед своей кончиной он передал в дар государственному музею ТАССР редкую коллекцию шамаилов, которую он собирал в течение многих лет. Эта коллекция в настоящее время составляет основную часть фонда музея РТ, а также были переданы другие ценные книги.
19 апреля 1941 года в кабинете директора музея РТ неожиданно скончался от сердечного приступа. Это произошло во время передачи ценных документов по истории расстрела крестьян села Бездна Спасского уезда из его архива.
В 1964 году после смерти И. М. Покровского его репутация была восстановлена постановлением Верховного суда ТАССР. Дом, который он построил в 1902 году и в котором прожил до конца своей жизни, был назван в его честь постановлением кабинета министров республики Татарстан. Этот дом был признан памятником истории республиканского значения и внесен в государственный охранный реестр. На доме была установлена мемориальная доска.
