В миру Великанов Михаил Матвеевич, родился в городе Саратове Саратовской губернии в семье мещанина.
Среднее образование получил в Саратовской гимназии.
В 1879 году окончил историко-филологический факультет Московского университета со степенью кандидата.
С 1882 года преподавал русский язык в Таврической учительской женской школе. С 1889 года одновременно преподавал в местном юнкерском училище.
В 1891 году поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, где в этом же году 22 ноября пострижен в монашество с наречением имени Мефодий.
1 декабря 1891 года рукоположен во иеродиакона, 22 марта 1892 года - во иеромонаха.
С 1893 года исполнял обязанности духовника в Санкт-Петербургской духовной семинарии и законоучителя образцовой школы при семинарии. Духовно сблизился по занятиям еврейским языком с Николаем Чуковым, подарив ему брошюру "К вопросу о слове «паперть»" с громкой надписью "Отечественному гебраисту".
В 1895 году удостоен степени кандидата богословия и назначен членом Санкт-Петербургского духовно-цензурного комитета. Был редактором «Духовного Вестника»
В 1896 году возведен в сан архимандрита
В 1897 году назначен ректором Санкт-Петербургской духовной семинарии.
С 1899 года - синодальный ризничий в Москве.
С 22 марта 1901 года служил настоятелем Белевского Спасо-Преображенского монастыря.
26 октября 1902 года был перемещен настоятелем Алатырского Троицкого монастыря.
В 1903 году являлся членом Санкт-Петербургского Духовного цензурного комитета.
С 1904 года - член Комиссии по вопросам русского правописания как знаток и автор русской грамматики.
12 апреля 1909 года хиротонисан во епископа Сарапульского викария Вятской епархии. Хиротония состоялась в Санкт-Петербурге.
