Александр Михайлович Кононов родился 18 июня 1871 года в Архангельской губернии. Его отец, Михаил Семенович Кононов, был настоятелем Тельвисочного прихода в Мезенском уезде. Семейная линия Кононовых известна с XVII века и включает много замечательных священников - северных миссионеров.
В 1886 году он закончил обучение в Архангельском духовном училище, а через шесть лет, в 1892 году, получил диплом Архангельской духовной семинарии. После этого он поступил в Санкт-Петербургскую Духовную Академию.
10 февраля 1896 года он принял постриг в монашество, сменив свое имя на Никодим. Через две недели, 24 февраля, ему было совершено рукоположение в сан иеродиакона, а 21 апреля он был рукоположен в сан иеромонаха.
В 1896 году он получил степень кандидата богословия в академии и был назначен смотрителем Александро-Невского духовного училища в Санкт-Петербурге. Также он был смотрителем Санкт-Петербургских Педагогических курсов для учителей второклассных церковно-приходских школ. В дополнение к этому, иеромонах Никодим был председателем Комиссии по постройке дома для учителей Александро-Невского духовного училища.
30 августа 1904 года, по решению Святого Синода, он был назначен на должность архимандрита за примерное исполнение обязанностей как Смотритель духовного училища. Тот же год он был выбран ректором Калужской духовной семинарии, и за свои неутомимые труды, которые оказали влияние на воспитанников, помогая им прекратить беспокойство и отказаться от мысли о неподчинении законным распоряжениям начальства, он был благодарен Калужским епископом.
В 1909 году он был переведен на должность ректора Олонецкой семинарии. Он также занимал должность председателя заседаний Олонецкого Миссионерского Совета и Совета Александро-Свирского Братства, а также был редактором неофициального отдела "Олонецких Епархиальных Ведомостей".
Архимандрит Никодим получил благодарность от Святейшего Синода за написание молитвенной композиции в честь святого Иоанна Златоуста. Этот текст был опубликован Синодом и предназначен для использования в церковных обрядах.
8 января 1911 года в Святом Синоде состоялось посвящение архимандрита Никодима в епископа Рыльского, второго викария Курской епархии. Торжество провели митрополит Московский Владимир (Богоявленский), митрополит Киевский Флавиан (Городецкий), архиепископ Ярославский Тихон (Белавин), епископ Тульский Парфений (Левицкий) и епископ Самарский Константин (Булычев). Интересно, что двое из участников этой церемонии, а также сам посвященный, были объявлены святыми как новомученики, потерпевшие за веру в период послереволюционных гонений.
С 15 ноября 1913 года он занимал должность епископа Белгородского и был викарием той же епархии.
Владыка Никодим внес большой вклад в изучение жизни святителя Иоасафа Белгородского. Под его руководством были созданы две молитвы и труд "Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа". Он также организовал воссоздание покоев святителя Иоасафа в Свято-Троицком мужском монастыре и открытие музея с обширным фондом документов. Великую заботу Владыка Никодим уделил также церковному песнотворчеству, написав акафисты святым Никодиму Кожеезерскому, Трифону Печенегскому, Иову Ущельскому и Соловецкому чудотворцу, а также акафист святому Иоанну Златоусту.
В 1917 году он получил степень магистра богословия.
8 января 1919 года комиссар С. А. Саенко арестовал в алтаре Троицкого собора за его проповеди против грабежа и насилия.
По просьбе верующих, которые требовали освободить епископа, местные чекисты выпустили его на один день, но арестовали тех, кто просил за него. Одна из верующих, Мария Дмитриевна Кияновская, начальница 2-й женской гимназии, была расстреляна комиссаром Саенко. На следующий день епископ Никодим был повторно арестован и тайно расстрелян 10 января 1919 года, после чего был похоронен в общей могиле за городом.
После того, как Добровольческая Белая армия взяла Белгород, через полгода после расстрела епископа, могила священномученика Никодима была открыта. Медицинский осмотр останков показал, что святителя убили не только огнестрельным оружием, но также ударили тяжелым предметом по голове, душили и причинили другие серьезные травмы.
Святые останки владыки Никодима были похоронены в Свято-Троицком мужском монастыре, рядом с мощами святителя Иоасафа Белгородского, и получили заслуженные почести.
В соответствии с определением, принятым на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви от 13-16 августа 2000 года, епископ Никодим (Кононов) из Белгородской епархии был признан святым новомучеником и исповедником Российской Церкви. На 2 ноября 2012 года были обнаружены его нетленные останки на месте его захоронения.
В храме Святой Живоначальной Троицы в здании Белгородской митрополии находится святыня - частицы мощей святого мученика Никодима, покровителя от раковых заболеваний.
Тропарь, глас 4:
Православия и благочестия ревнителю,/ священномучениче Никодиме,/ святителя Иоасафа велегласный прославителю,/ душу свою за овцы стада Христова положивый,/ моли о нас всемилостиваго Бога,/ да верою, надеждою и любовию утвердит отечество наше в Православии/ и душам нашим дарует велию милость.
Кондак, глас 8:
Избранный светильниче земли Белоградския,/ страдания и кончину Христа ради восприявый,/ темже обретый благодать несокрушимую,/ помогай нам твоим предстательством во утверждении Православия,/ да с верою зовем ти:/ Радуйся, священномучениче Никодиме,/ архипастырю и молитвенниче усердный!
