Родившийся в семье священника в Нижегородской губернии, у него были два брата - Александр Иванович Лепорский, который стал директором Псковской духовной семинарии, и Николай Иванович Лепорский, известный советский терапевт, член Академии медицинских наук СССР.
После окончания Нижегородского духовного училища (1885) он поступил в Нижегородскую духовную семинарию, а затем продолжил обучение в Санкт-Петербургской духовной академии, где успешно завершил образование в 1895 году. В течение года после этого он был стипендиатом при кафедре догматического богословия, готовясь к получению профессорского звания.
«Ещё за год до отставки, в 1895 г., я озаботился избрать и подготовить себе преемника по кафедре в лице одного из самых лучших, окончивших в этом году курс студентов, П. И. Лепорского».
С 4 октября 1896 года он начал преподавать уроки по догматическому богословию для студентов III и IV курсов. После успешной защиты диссертации 26 июня 1901 года, он получил степень магистра богословия и доцента. В период с 1901 по 1902 годы Лепорский принимал участие в Религиозно-философских собраниях, а затем вступил в Религиозно-философское общество.
По указу Святейшего Синода № 11219 от 25 ноября 1903 года П. И. Лепорский был принят в состав Комиссии по сношению со старокатоликами и англиканами, которая была создана ещё в конце 1892 года.
С начала 20 века П. И. Лепорский занимал почетную должность экстраординарного профессора на кафедре догматического богословия в Петербургской духовной академии. В июне 1905 года он был награжден чином коллежского советника со старшинством.
6 сентября 1907 года митрополит Антоний назначил Лепорского на должность настоятеля храма Воскресения Христова («Спас на крови») в Санкт-Петербурге. 14 сентября он был посвящен в диаконы, а 16 сентября в священники с награждением набедренником. 3 октября ему была вручена камилавка и наперсный крест, а 14 октября он был повышен до сана протоиерея.
В 1911 году Лепорский был назначен преподавателем закона в Петербургском историко-филологическом институте, заменив на этой должности Г. И. Шавельского. В своей преподавательской деятельности он занимался преподаванием богословия на первых трех курсах и истории церкви на историко-географическом отделении.
Во время Первой мировой войны Лепорский работал в медицинском поезде, а затем был назначен главным священником армий Румынского фронта. После событий 1917 года он занимался демобилизацией священников армий фронта.
Из боевого и морского капелланства он перешел к участию в Поместном Соборе Российской церкви. На 8 декабря 1917 года при выборах в члены Высшего Церковного Совета он получил 2 голоса.
В конце 1921 года Лепорский начал преподавание сравнительного богословия и "введения в науку о религии" в Петроградском Богословском институте.
По причине быстро прогрессирующей туберкулёзной болезни скончался. Его тело было захоронено на Никольском кладбище, расположенном на территории Александро-Невской лавры.
