Симеон Иванович Яворский, родившийся в 1658 году в польском городке Яворе, пришествовавшему ныне в город Яворов в Львовской области, происходил из православной семьи. После Андрусовского мира, в котором правобережная Украина была отдана Польше, семья Яворских решила переселиться в село Красиловку близ Нежина, оставаясь верной Православию.
Он получил образование в Киево-Могилевской коллегии, где нашел защитника в лице Варлаама (Ясинского), позднее митрополита Киевского. В 1684 году он написал в его честь панегирик под названием "Hercules post Atlantem, infracto virtutum robore honorarium pondus sustinens", в котором Геркулес обозначает Ясинского, а Атлант - его предшественник Гизель. Панегирик написан на латинском языке, в стихах и прозе, переплетенных с польскими стихами.
В 1684 году митрополит Киевский Варлаам (Ясинский) был отправлен за границу для завершения своего духовного образования. Во время этой поездки ему пришлось принять католическое исповедание и принять имя Станислава Симона. Он учился в различных католических школах, где изучал философию, богословие, где освоил основы схоластической премудрости и научился писать стихи на латинском, польском и русском языках. Также он писал панегирики в честь гетмана Мазепы, а затем и Петра I. Его обучение в польских школах познакомило его с католическим богословием и вызвало у него враждебное отношение к протестантизму.
В 1687 году (или возможно в 1689 году, согласно некоторым источникам) он вернулся в Киев, признав свои ошибки перед Православной Церковью и был принят обратно в ее общину.
В 1689 году он стал монахом по рекомендации Варлаама (Ясинского) и проходил испытание монашеского служения в Киево-Печерской лавре.
В 1690 году он был назначен преподавателем в Киево-Могилянской академии, где вел курсы по риторике, поэтике, философии и богословию.
С 1691 года он занимал должность префекта в академии.
В 1697 году он был назначен на должность игумена Свято-Никольского Пустынного монастыря.
Он был близким соратником Киевского митрополита в его отношениях с московским правительством, выполнял различные церковно-административные задания и совершал поездки в Москву. В январе 1700 года митрополит послал Стефана и другого игумена в Москву с письмом патриарху, в котором просил учредить Переяславскую епархию и поставить на пост епископа одного из двух игуменов, отправленных им.
В Москве случайное событие вывело Стефана из обычной жизни. В это время умер воевода Шеин, и на его похороны, в присутствии царя, было поручено говорить проповедь Яворскому. Петр I был впечатлен как самим проповедью, так и тем, кто ее произнес. Он поручил Патриарху Адриану посвятить Стефана в архиереи в одной из великорусских епархий, "где прилично, не в дальнем расстоянии от Москвы", хотя Стефан предпочел бы быть назначенным в Киев.
В 1700 году 7 апреля он был посвящен в епископы Рязанской и Муромской епархии, после чего был признан митрополитом.
В результате смерти патриарха Адриана 16 декабря 1701 года, по распоряжению царя Петра I, Стефан был назначен временным хранителем патриаршего престола.
При выборе Стефана, Петр I видел в нем в первую очередь человека с западной образованностью, которой не было у московского духовенства. Кроме того, в глазах Петра Стефан был новым человеком, свободным от традиций старой московской партии. Приверженцы старины не одобряли его назначение, считая его и «западником» и человеком, внесшим в Московскую академию латинские ереси из польских школ. В начале его карьеры пришлось Стефану оправдываться и опровергать обвинения, исходившие от иерусалимского патриарха. Он провел реформы в Московской академии, заменив эллинские учения на «латинские» то есть схоластику как в методах, так и в содержании.
В то время как Петр уделял свое внимание политике, войне и просвещению, Стефан с ним симпатизировал. Он неоднократно превозносил в своих проповедях военные достижения Петра и активно поддерживал его, назначая на должности иностранцев с образованием. Однако для Петра Стефан оказался слишком консервативным, а для сторонников старых русских традиций - слишком реформатором. Иное видение вопросов привело к охлаждению отношений, но затем к их улучшению. Хотя митрополит Стефан не был сторонником старых традиций по своему образованию и стилю жизни, его католические взгляды мешали ему поддерживать царские реформы. Иногда его протест, вдохновленный католицизмом, пересекался с протестом старообрядцев. Как и последние, митрополит Стефан противостоял царю в вопросе о масштабах церковной власти из-за принципов католицизма, которые он перенял из католической традиции.
Церковная деятельность митрополита Стефана была ограничена властью местоблюстителя по сравнению с патриархом, что было установлено Петром. Вместо патриаршего приказа был учрежден монастырский при светском управлении. В большинстве случаев митрополит Стефан должен был совещаться с собором епископов по духовным делам. Время показало, что царь имеет явные тенденции ограничения церковной власти и намерен уничтожить патриаршество, а не назначать нового патриарха.
Используя сложную форму схоластических проповедей, митрополит Стефан часто намекал на недовольство действиями царя. Он осознавал свою неспособность открыто противостоять царской власти и неоднократно просил о своей отставке, но безуспешно: Петр держал его при себе до конца его жизни, заставляя благословлять все непопулярные для митрополита реформы. Митрополит не обладал достаточной силой, чтобы открыто противостоять царю, и в то же время не мог мириться с происходящим.
В 1711 году церковные суды получили фискалов из гражданского ведомства.
В 1712 году митрополит Стефан остро осудил работу фискалов и современное положение России, назвав царевича Алексея единственной надеждой страны. Сенаторы, слушавшие его проповедь, сразу передали ее содержание царю. Петр не стал наказывать митрополита, но продолжил действие запрета сената на его проповеди.
В 1715 году Петр начал критиковать патриархат и церковную иерархию в своих шутливых пародиях на церковные обряды. В это же время начинаются близкие отношения царя к протестантам и протестантизму. Митрополит Стефан оказался сторонником древних обычаев, что привело к ухудшению его отношений с Петром, хотя он не проявлял активного сопротивления и постепенно терял свое влияние.
В 1713 году началось расследование деятельности Тверитинова и других, которые были связаны с лютеранством. Митрополит Стефан приложил максимум усилий, чтобы разоблачить их и таким образом неявно обвинить самого царя, который считался покровителем лютеран. Это расследование отчетливо показало различие во взглядах между Петром и митрополитом Стефаном, и привело к окончательному разногласию между ними. Митрополит явно проявил свою предвзятость и нетерпимое отношение к обвиняемым, во время расследования он также работал над своим самым известным полемическим сочинением "Камень веры", которое было завершено в 1718 году, но опубликовано только после его смерти в 1728 году.
События, произошедшие после дела Тверитинова, еще более увеличили разрыв между царем и митрополитом Стефаном.
В 1718 году царевич Алексей был подвергнут судебному процессу. Царь приказал митрополиту приехать в Санкт-Петербург и удерживал его здесь практически до его смерти, лишая его той небольшой власти, которой он ранее пользовался.
В то время произошел конфликт между митрополитом Стефаном и Феофаном (Прокоповичем). Митрополит не хотел, чтобы Феофан стал епископом из-за его учений, которые, по мнению митрополита, несут влияние протестантизма. Однако царь выслушал возражения Феофана и назначил его на епископскую должность. В результате митрополит Стефан был вынужден извиниться перед Феофаном, несмотря на то, что он считал себя правым.
Митрополит Стефан прекратил свою церковно-административную деятельность и не участвовал в подготовке церковной реформы, не принимал участия в написании Духовного регламента. Церковное управление происходило без его участия.
Митрополит задавал царю ряд вопросов в 1718 году, пытаясь уточнить свое положение. Он интересовался, вернется ли он в Москву или останется в Петербурге, где именно он будет жить в Петербурге, каким образом он будет управлять своей епархией издалека, нужно ли вызывать архиереев в Петербург и каким образом он будет замещать архиерейские места. Царь указал ему жить в Петербурге, построить подворье на свои собственные средства, управлять рязанской епархией через крутицкого архиепископа и т.д. В заключение царь написал: "Кажется уместным в будущем создать коллегию для лучшего управления, чтобы впредь было легче руководить таким важным делом".
В феврале 1720 года был утвержден устав духовной коллегии, а через год был открыт Синод. Царь назначил митрополита Стефана президентом Синода, хотя тот был мало заинтересован в этом учреждении. Митрополит Стефан отказывался подписывать протоколы Синода и не присутствовал на его заседаниях. Его влияние на синодальные дела было нулевым, так что царь, видимо, назначил его только ради использования его имени для придания новому учреждению определенной санкции.
В течение своего пребывания в Синоде митрополит Стефан был периодически подвергнут следствию по политическим делам. Его обвиняли в том, что он сочувственно относился к сочинениям кабального человека Любимова (1721), а также в том, что он высказывал желание уехать в Польшу (1722), несмотря на то, что его определяли на Синод. Однако при более тщательном расследовании обвинения не находили подтверждения, хотя митрополита постоянно допрашивали.
Связанный с основанным им в Нежине монастырем митрополит также столкнулся с трудностями, так как он обнаружил большое финансовое мошенничество, связанное с деньгами, присланными на строительство монастыря. Все эти проблемы сильно повлияли на жизнь митрополита Стефана и его здоровье. Кроме того, он пожертвовал свою библиотеку Нежинскому монастырю, добавив каталогу книг трогательную элегию на латинском языке.
В ночь на 27 ноября 1722 года скончался митрополит, находившийся в своем рязанском подворье в Москве. Его тело было отправлено в Рязань и захоронено в Успенском соборе. В конце XVIII – начале XIX веков его останки были перезахоронены в Архангельском соборе Рязанского кремля. К началу XXI века их честные останки оставались в Рязанском Троицком монастыре.
