Николай Беляев родился в семье слесаря и дочери диакона, где с детства ценили знания и образование. Его родители сделали все возможное, чтобы он получил качественное образование. После окончания гимназии с золотой медалью, Николай поступил в Московскую духовную академию, где успешно учился с 1911 по 1915 годы.
Родился 11 (24) июня 1911 года и принял монашество в Зосимовой пустыни. Постриг совершил ректором Московской духовной академии епископом Феодором (Поздеевским). Летом 1911 года он был рукоположен во иеродиакона, а в 1913 году - во иеромонаха.
Летом 1914 года осуществил паломничество в Святую землю и на Афон. В 1915 году защитил диссертацию на степень кандидата богословия по теме: "Святой Варсонофий Великий. Его жизнь и учение". Получил назначение на должность преподавателя гомилетики в Нижегородской духовной семинарии (1915-1918). Посвящен в архимандриты. Занимал пост настоятеля в Старо-Голутвинском монастыре Московской епархии.
Постановлением Священного синода от 13 февраля 1920 года архимандрит Варнава был избран епископом Васильсурским, заместителем епископа Нижегородской епархии. По настоянию синода 29 февраля 1920 года он был посвящен в епископы. В августе 1920 года ему было поручено возглавить Печерский Вознесенский монастырь.
Летом 1922 года епископ Варнава, вместе с архиереем Нижегородской епархии архиепископом Евдокимом (Мещерским), подписал резолюцию о признании обновленческого Высшего церковного управления. Вскоре после этого он раскаялся в своем поступке, объясняя его малодушием, и поехал принести покаяние архиепископу Феодору (Поздеевскому), но не был им принят. В сентябре 1922 года посетил старцев Зосимовой пустыни, где ему наложили епитимию за переход в обновленчество и благословили на подвиг юродства. В 1928 году он переехал в Кзыл-Орду, где создал тайный монастырь и начал писать аскетические сочинения. Там же он закончил свое главное сочинение "Основы искусства святости (Опыт изложения православной аскетики)" в 1928 году, в котором попытался осмыслить знания, полученные в Духовной академии и от самостоятельного чтения аскетической литературы. В этом труде он цитирует святоотеческие сочинения, а собственные рассуждения и комментарии касаются в основном явлений светской культуры.
Осенью 1931 года он переехал в Москву. 16 марта 1933 года он был арестован ОГПУ за создание тайного монастыря и "антисоветскую пропаганду" среди молодежи. Он содержался в Бутырской тюрьме. 10 мая того же года его осудило особое совещание при Коллегии ОГПУ по статьям 58.10 и 58.11 УК РСФСР, и он был заключен в исправительно-трудовой лагерь на 3 года. Он отказался от работ в лагере и был переведен на штрафной паек. Он не общался с кем-либо и целыми днями ходил вдоль стен лагеря. Из-за своего поведения его признали лагерными врачами сумасшедшим и перевели в Мариинские лагеря. Он был освобожден в 1936 году.
После освобождения от тюремного заключения, Варнава жил в Томске, а затем в 1948 году переехал в Киев при помощи взятки для получения прописки. В Киеве он вел незаметную жизнь, не привлекая особого внимания. Для соседей он был просто "дядей Колей". Он не совершал богослужений, за исключением великого освящения воды на Богоявление. Вместо этого он ходил молиться к местным святыням и присутствовал на богослужениях, не раскрывая своего религиозного статуса и не участвуя в различных обрядах. С октября 1950 года он начал вести дневники, и до самых последних лет своей жизни продолжал работать над новыми трудами.
В 1963 году он ушел из жизни и был захоронен на Байковом кладбище в Киеве. Отпевание провел священник по имени Алексей Глаголев.
