Рожденный в семье диакона, он пришел на свет на погосте Векшеньга в Шуйской волости Тотемского уезда Вологодской губернии.
В 1903 году он закончил Вологодское духовное училище, а в 1909 году - Вологодскую духовную семинарию. В 1913 году он получил степень кандидата богословия в Санкт-Петербургской духовной академии и был оставлен при академии на год в качестве профессорского стипендиата.
22 августа 1913 года в Успенской Почаевской лавре произошло пострижение в монашество архиепископом Антонием (Храповицким). Через четыре дня, 26 августа, его рукоположили в сан иеромонаха.
После завершения стипендиатского года в Санкт-Петербургской Духовной Академии в 1914 году, иеромонах Венедикт (Алентов) был приглашен преподавать гражданскую историю в Московской духовной семинарии. Он обратился к Правлению с просьбой о высылке необходимых книг из Соловецкой библиотеки, хранящейся в Казанской духовной академии, для написания своей магистерской диссертации. К 1917 году он завершил свою диссертацию, но из-за революционной обстановки она не была опубликована. Тем не менее, этот труд принес иеромонаху Венедикту (Алентову) степень магистра богословия.
С 1919 года он был членом братии Московского Данилова монастыря.
7 марта 1921 года он был рукоположен в епископа Вяземского и назначен викарием Смоленской епархии.
В 1921 году его обвинили в нарушении закона о разделении церкви и государства. Впоследствии его оправдали.
Летом 1922 года он присоединился к обновленчеству и признал обновленческое ВЦУ. В январе 1923 года он был назначен епископом Смоленским и Дорогобужским, а также стал председателем обновленческого Смоленского епархиального управления. Его кафедра находилась в Успенском соборе Смоленска. Однако уже в апреле того же года он отказался от управления епархией.
В 1924 году он пришел к патриарху Тихону, чтобы изъявить покаяние, и был назначен на должность в Вяземской кафедре.
6 февраля 1927 года он был арестован и содержался в доме предварительного заключения №2. 20 апреля 1927 года ему была изменена мера пресечения на подписку о невыезде. После вторичного задержания по постановлению Коллегии ОГПУ от 29 августа 1927 года он был отправлен в лагерь на 10 лет. В связи с арестом он был "уволен на покой". Однако он был освобожден досрочно 6 августа 1934 года и после этого поселился в Рязани.
В 1934 году он был назначен епископом Арзамасским и викарием Нижегородской епархии, однако не получил официального подтверждения своего назначения.
В 1935 году он был назначен епископом Рыбинским и стал викарием Ярославской епархии, однако это назначение было отменено.
20 февраля 1936 года он был назначен епископом Тамбовским и Мичуринским, и был возведён в сан архиепископа.
28 апреля 1937 года он был арестован НКВД и заключен в тюрьму в Мичуринске. Решением Тройки УНКВД по Тамбовской области от 6 декабря 1937 года он был приговорен к расстрелу, а приговор был исполнен 20 января 1938 года.
21 июня 1957 года Президиум Тамбовского областного суда принял решение о реабилитации.
