Василий Антонович Благонравов был рожден в селе Тарадеи Шацкого уезда Тамбовской губернии (сейчас Шацкий район Рязанской области). Его отец был священником.
В 1846 году окончил Тамбовскую духовную семинарию и поступил студентом в Казанскую духовную академию. В августе 1849 года (на последнем курсе академии) был пострижен в монашество, а в октябре того же года рукоположен во иеродиакона. В 1850 году окончил академию со степенью магистра, стал бакалавром той же академии на кафедру церковной истории и в ноябре того же года рукоположен во иеромонаха. С 1852 года продолжил служение в академии как помощник инспектора, был возведен в сан архимандрита. В 1857 году стал профессором академии, а в 1858 году - инспектором. По отзыву историка Казанской духовной академии профессора Знаменского, о. Вениамин в академии отличался талантливостью, редкой любовью к занятиям науками и безупречным исполнением всех требований тогдашней строгой дисциплины.
По мнению современников, он был известен тем, что читал курс церковной истории очень подробно, за что его прозвали "махиной в 1001 лист". В его лекциях не было строгой научной системы или логического порядка, но они были пропитаны монашеским духом и уделяли внимание высоте подвигов восточных аскетов, нестяжательности монахов, целомудрию, смирению и т.д. Архиепископ Вениамин часто говорил студентам, что не все в мире может быть освещено рассудком, и предостерегал их от освещения вопросов, непостижимых для разума. Профессор Знаменский утверждает, что отец Вениамин был настоящим ученым, но у него не было времени для научной работы в кабинете.
В 1858 году ему было поручено руководство Томской духовной семинарией, которая только что открылась, и он был ответственен за организацию работы этого нового учебного заведения.
23 августа 1861 года он был назначен ректором Костромской духовной семинарии и стал настоятелем Богородицкого Игрицкого монастыря.
20 мая 1862 года он был посвящен во епископа Селенгинского, викария Иркутской епархии, и стал начальником Забайкальской духовной миссии. С этого момента его работа была неразрывно связана с миссионерской деятельностью в Сибири и на Дальнем Востоке. Под его руководством Забайкальская миссия пережила новый период процветания. В течение шести лет его миссионерская деятельность вызвала широкое сочувствие к миссионерской работе в Сибири и в Европейской России. В этот период он привел к Православию 2000 язычников (бурят и тунгузов), несмотря на многочисленные препятствия. Источник добавляет, что он также крестил 4000 корейцев из района Владивостока.
В 1868 году он был поставлен на должность епископа Камчатского.
В 1868 году он был приглашен в Санкт-Петербург для участия в заседании Святейшего Синода.
В 1870 году, продолжая свою работу на Дальнем Востоке, он основал новую духовную семинарию в городе Благовещенске.
31 марта 1873 года он был назначен епископом Иркутским. За 16 лет его руководства он привлек к православию до 30000 бурят. В честь 150-летия Иркутской епархии архиепископ Вениамин предложил создать миссионерский поселок в честь святителя Иннокентия, с церковью и школой для бурят. Также он оказывал поддержку Японской Православной миссии, предоставив ей помощь.
16 апреля 1878 года он был назначен в должность архиепископа, а в конце 1890 года он был избран почетным членом Московской духовной академии.
Ему было посвящено много труда исследованию сибирского ламаизма и других верований местных жителей. Его отчеты о миссионерской работе в Сибири представляли собой ценные исторические материалы, необходимые для изучения церковной жизни и религиозных особенностей этого региона. Эти отчеты, а также его письма, содержали лучшие научные исследования этой темы.
2 февраля 1892 года он скончался и был погребен в новом Иркутском Казанском кафедральном соборе, на строительство которого он очень много трудился.
